117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4733 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  100 
 
 		 467 aa  955    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  64.88 
 
 		 457 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  65.46 
 
 		 483 aa  560  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  57.08 
 
 		 441 aa  518  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  47.01 
 
 		 428 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  46.75 
 
 		 428 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  45.26 
 
 		 437 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  45.25 
 
 		 442 aa  358  1.9999999999999998e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  42.04 
 
 		 439 aa  348  2e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  41.13 
 
 		 439 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  40.48 
 
 		 429 aa  318  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  41.52 
 
 		 410 aa  317  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  39.42 
 
 		 446 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  38.39 
 
 		 446 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  39.26 
 
 		 429 aa  302  9e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  38.26 
 
 		 431 aa  299  6e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  39.01 
 
 		 424 aa  299  7e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  39.01 
 
 		 429 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  38.27 
 
 		 424 aa  290  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  37.44 
 
 		 431 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  37.62 
 
 		 428 aa  286  7e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  34.51 
 
 		 447 aa  277  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  33.33 
 
 		 451 aa  276  7e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  34.21 
 
 		 423 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  34.21 
 
 		 423 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  34.89 
 
 		 422 aa  274  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  35.27 
 
 		 454 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  36.59 
 
 		 400 aa  272  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  32.82 
 
 		 462 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  33.96 
 
 		 454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  34.11 
 
 		 425 aa  269  8.999999999999999e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  34.53 
 
 		 452 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  32.41 
 
 		 431 aa  266  8e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  33.56 
 
 		 462 aa  266  8e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  32.41 
 
 		 431 aa  266  8e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  32.56 
 
 		 423 aa  265  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.47 
 
 		 464 aa  263  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  34.67 
 
 		 439 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.47 
 
 		 464 aa  263  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  35.12 
 
 		 400 aa  263  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.48 
 
 		 416 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.48 
 
 		 416 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  35.06 
 
 		 428 aa  260  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  35.24 
 
 		 416 aa  259  7e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  34.89 
 
 		 432 aa  259  8e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  36.8 
 
 		 452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  36.67 
 
 		 445 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  34.24 
 
 		 400 aa  252  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  31.76 
 
 		 443 aa  225  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  30.92 
 
 		 503 aa  206  9e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  28.17 
 
 		 467 aa  173  6.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  27.63 
 
 		 501 aa  164  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.88 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  27.01 
 
 		 454 aa  137  5e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  26.88 
 
 		 459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.2 
 
 		 458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.74 
 
 		 458 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  27.87 
 
 		 410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  24.89 
 
 		 417 aa  117  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  27.34 
 
 		 405 aa  113  6e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  27.93 
 
 		 404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  26.52 
 
 		 418 aa  105  2e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  25.48 
 
 		 422 aa  104  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.06 
 
 		 425 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  23.53 
 
 		 452 aa  94  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  23.24 
 
 		 406 aa  92  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  21.71 
 
 		 633 aa  88.6  2e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.19 
 
 		 425 aa  88.6  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  24.07 
 
 		 638 aa  79.3  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  23.08 
 
 		 422 aa  71.6  0.00000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  20.24 
 
 		 711 aa  70.1  0.00000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.1 
 
 		 677 aa  69.7  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  27.24 
 
 		 471 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  26.1 
 
 		 641 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  27.16 
 
 		 1200 aa  62.8  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0279  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.18 
 
 		 458 aa  62.4  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  21.97 
 
 		 647 aa  62  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  27.6 
 
 		 735 aa  61.6  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  24.86 
 
 		 352 aa  61.6  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  21.43 
 
 		 672 aa  59.7  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  25.13 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0578  parallel beta-helix repeat-containing protein  23.91 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.56022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1833  periplasmic copper-binding  25.28 
 
 		 595 aa  58.5  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.107364 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  21.39 
 
 		 648 aa  58.2  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0239  cell surface protein  29.3 
 
 		 153 aa  57  0.0000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00514923  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.07 
 
 		 685 aa  55.5  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  23.17 
 
 		 570 aa  54.3  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.36 
 
 		 510 aa  53.5  0.000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  25.98 
 
 		 810 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  30.4 
 
 		 505 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0677  periplasmic copper-binding  28.57 
 
 		 820 aa  52.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  23.08 
 
 		 635 aa  52.4  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1106  hypothetical protein  22.97 
 
 		 509 aa  51.6  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2844  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1001 aa  50.8  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0777438  normal  0.0344466 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0333  cell surface glycoprotein (s-layer protein)  25.23 
 
 		 308 aa  50.8  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000130039  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1527  surface layer protein B  33.33 
 
 		 297 aa  49.7  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1704  polymorphic outer membrane protein  31.25 
 
 		 1755 aa  49.7  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.041755  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  23.34 
 
 		 768 aa  48.9  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0620  hypothetical protein  25.63 
 
 		 365 aa  48.5  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.611979  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  26.97 
 
 		 899 aa  48.1  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>