128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2218 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  100 
 
 		 483 aa  982    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  69.88 
 
 		 457 aa  600  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  63.34 
 
 		 467 aa  563  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  63.44 
 
 		 441 aa  549  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  50.66 
 
 		 428 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  50.13 
 
 		 428 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  46.32 
 
 		 437 aa  392  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  46.21 
 
 		 442 aa  380  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  47.12 
 
 		 439 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  42.64 
 
 		 410 aa  347  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  41.35 
 
 		 439 aa  343  5e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  39.18 
 
 		 446 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  40.81 
 
 		 446 aa  335  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  40.77 
 
 		 431 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  40.05 
 
 		 429 aa  326  5e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  39.17 
 
 		 431 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  40.53 
 
 		 429 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  40.14 
 
 		 428 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  40.34 
 
 		 429 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  40.1 
 
 		 424 aa  311  2e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  39.95 
 
 		 424 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  40.65 
 
 		 447 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  37.23 
 
 		 454 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  38.39 
 
 		 400 aa  296  8e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  36.26 
 
 		 464 aa  294  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  36.26 
 
 		 464 aa  294  2e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  35.65 
 
 		 462 aa  293  5e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  36.24 
 
 		 454 aa  292  7e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  35.23 
 
 		 451 aa  292  8e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  38.08 
 
 		 439 aa  289  6e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  39.73 
 
 		 452 aa  285  9e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  37.53 
 
 		 423 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  37.53 
 
 		 423 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  35.48 
 
 		 462 aa  282  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  36.19 
 
 		 423 aa  282  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  34.91 
 
 		 452 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  35.95 
 
 		 425 aa  280  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  37.41 
 
 		 422 aa  279  7e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  37.25 
 
 		 400 aa  279  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  34.59 
 
 		 431 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  34.59 
 
 		 431 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  35.78 
 
 		 432 aa  276  8e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  37.15 
 
 		 416 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  37.15 
 
 		 416 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  36.9 
 
 		 416 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  36.25 
 
 		 400 aa  272  9e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  36.29 
 
 		 428 aa  263  6.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  38.14 
 
 		 445 aa  254  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  33.92 
 
 		 443 aa  242  1e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  30 
 
 		 503 aa  196  6e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  28.89 
 
 		 501 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  29.65 
 
 		 417 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.08 
 
 		 467 aa  161  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  29.07 
 
 		 454 aa  157  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.76 
 
 		 459 aa  146  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  28.6 
 
 		 459 aa  143  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.4 
 
 		 458 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.4 
 
 		 458 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  26.46 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  27.94 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  26.82 
 
 		 418 aa  124  3e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  26.88 
 
 		 410 aa  120  7.999999999999999e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  27.53 
 
 		 404 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.62 
 
 		 425 aa  110  6e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.86 
 
 		 425 aa  107  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  24.3 
 
 		 452 aa  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  23.67 
 
 		 633 aa  101  3e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  24.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  23.14 
 
 		 638 aa  89.4  1e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  26.53 
 
 		 1200 aa  78.2  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0333  cell surface glycoprotein (s-layer protein)  27.4 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000130039  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  24.47 
 
 		 648 aa  73.2  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  25.8 
 
 		 641 aa  72  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  23.51 
 
 		 672 aa  72.4  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  23.57 
 
 		 422 aa  70.5  0.00000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  20.78 
 
 		 711 aa  69.7  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1833  periplasmic copper-binding  24.66 
 
 		 595 aa  63.5  0.000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.107364 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  28.03 
 
 		 638 aa  63.2  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  21.08 
 
 		 651 aa  63.2  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  26.99 
 
 		 735 aa  62.4  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  31.16 
 
 		 505 aa  61.6  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  25.7 
 
 		 570 aa  62  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  22.51 
 
 		 341 aa  61.2  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  23.28 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.32 
 
 		 677 aa  60.5  0.00000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  29.23 
 
 		 707 aa  58.2  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0620  hypothetical protein  27.2 
 
 		 365 aa  57  0.0000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.611979  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1938  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.14 
 
 		 369 aa  56.6  0.0000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1209  Fibronectin type III domain protein  22.71 
 
 		 1242 aa  56.2  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  23.4 
 
 		 647 aa  55.1  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  27.75 
 
 		 899 aa  55.1  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  27.3 
 
 		 1025 aa  54.7  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1510  periplasmic copper-binding  23.33 
 
 		 505 aa  53.1  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.163469  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  27.11 
 
 		 471 aa  52  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  23.77 
 
 		 500 aa  52.4  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.52 
 
 		 510 aa  52.4  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  25 
 
 		 1332 aa  51.2  0.00004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1279  periplasmic copper-binding  23.89 
 
 		 892 aa  50.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1287  periplasmic copper-binding  25.16 
 
 		 831 aa  50.4  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0750  protein kinase  30.77 
 
 		 671 aa  50.4  0.00007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0831444  normal  0.845491 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>