91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0355 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  100 
 
 		 452 aa  923    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  50.12 
 
 		 431 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  49.77 
 
 		 429 aa  411  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  50.5 
 
 		 424 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  51 
 
 		 410 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  50 
 
 		 431 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  49.51 
 
 		 424 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  49.27 
 
 		 429 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  47.49 
 
 		 428 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  49.75 
 
 		 429 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  45.9 
 
 		 439 aa  389  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  47.72 
 
 		 446 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  48.53 
 
 		 447 aa  383  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  46.88 
 
 		 446 aa  382  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  41.89 
 
 		 457 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.8 
 
 		 428 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  41.53 
 
 		 428 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  37.79 
 
 		 441 aa  306  4.0000000000000004e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  39.75 
 
 		 483 aa  294  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  38.92 
 
 		 437 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  36.14 
 
 		 439 aa  284  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  36.8 
 
 		 467 aa  279  7e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  36.96 
 
 		 442 aa  269  8e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  36.9 
 
 		 439 aa  249  9e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  32.71 
 
 		 454 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  33.81 
 
 		 454 aa  247  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  33.26 
 
 		 452 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  32.43 
 
 		 462 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  31.83 
 
 		 464 aa  230  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  31.83 
 
 		 464 aa  230  4e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  32.12 
 
 		 451 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  33.33 
 
 		 443 aa  226  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  29.04 
 
 		 462 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  32.28 
 
 		 431 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  32.28 
 
 		 431 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  35.38 
 
 		 445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  31.9 
 
 		 428 aa  216  9e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  31.29 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  31.29 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  32.19 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  31.28 
 
 		 425 aa  211  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  30.81 
 
 		 423 aa  209  9e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33 
 
 		 416 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33 
 
 		 416 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  33 
 
 		 400 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  30.48 
 
 		 432 aa  204  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  32.75 
 
 		 416 aa  202  8e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  32.39 
 
 		 400 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  30.52 
 
 		 400 aa  195  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  30.93 
 
 		 503 aa  190  5e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  28.07 
 
 		 501 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  29.02 
 
 		 467 aa  161  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  30.14 
 
 		 454 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  26.57 
 
 		 417 aa  137  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  28.23 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  28.19 
 
 		 410 aa  121  3e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  29.22 
 
 		 418 aa  117  6e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.25 
 
 		 459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  27.23 
 
 		 405 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  28.75 
 
 		 459 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  27.46 
 
 		 404 aa  108  1e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  24.35 
 
 		 406 aa  107  5e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.89 
 
 		 458 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  27.12 
 
 		 638 aa  100  5e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.9 
 
 		 458 aa  97.4  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  26.76 
 
 		 452 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  24.47 
 
 		 633 aa  90.9  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.14 
 
 		 425 aa  87  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.12 
 
 		 425 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  25.37 
 
 		 711 aa  72.4  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  23.18 
 
 		 651 aa  69.3  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  27.59 
 
 		 672 aa  64.3  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.84 
 
 		 510 aa  62.4  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  23.57 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.58 
 
 		 685 aa  57  0.0000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  22.51 
 
 		 1200 aa  56.6  0.0000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  21.84 
 
 		 341 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  22.25 
 
 		 471 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  27.84 
 
 		 707 aa  52.8  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  34.69 
 
 		 1332 aa  52  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.46 
 
 		 677 aa  52  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2931  cell surface protein  23.36 
 
 		 940 aa  50.4  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0750354  hitchhiker  0.00446431 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  25.6 
 
 		 1025 aa  48.1  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  33.63 
 
 		 172 aa  48.5  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0644  periplasmic copper-binding  22.12 
 
 		 1092 aa  48.1  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.167347  normal  0.0259302 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  21.31 
 
 		 500 aa  47.8  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0578  parallel beta-helix repeat-containing protein  23 
 
 		 364 aa  47  0.0007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.56022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  20.13 
 
 		 647 aa  45.4  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0750  protein kinase  30.43 
 
 		 671 aa  44.7  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0831444  normal  0.845491 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1938  parallel beta-helix repeat-containing protein  20.85 
 
 		 369 aa  43.9  0.005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0833  hypothetical protein  36.23 
 
 		 451 aa  43.5  0.007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000168293  normal  0.183583 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>