88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0495 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  87.25 
 
 		 424 aa  738    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  74.82 
 
 		 431 aa  642    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  84.82 
 
 		 428 aa  741    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  100 
 
 		 429 aa  881    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  78.77 
 
 		 431 aa  672    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  97.2 
 
 		 429 aa  858    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  97.38 
 
 		 424 aa  843    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  53.55 
 
 		 446 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  50.62 
 
 		 410 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  51.81 
 
 		 446 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  49.16 
 
 		 439 aa  414  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  48.44 
 
 		 429 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  51.26 
 
 		 447 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  48.36 
 
 		 452 aa  375  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  41.02 
 
 		 441 aa  318  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  40.97 
 
 		 483 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  39.15 
 
 		 428 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.84 
 
 		 428 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  40.75 
 
 		 457 aa  299  7e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  39.01 
 
 		 467 aa  298  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  40.71 
 
 		 437 aa  296  4e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  38.58 
 
 		 442 aa  287  2.9999999999999996e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  38.86 
 
 		 439 aa  269  7e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  33.25 
 
 		 454 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  35.15 
 
 		 454 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  35.01 
 
 		 439 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  34.13 
 
 		 452 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  33.18 
 
 		 462 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  32.06 
 
 		 451 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  33.85 
 
 		 443 aa  233  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  31.8 
 
 		 464 aa  231  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  31.96 
 
 		 462 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  31.8 
 
 		 464 aa  231  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  30.38 
 
 		 431 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  30.38 
 
 		 431 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  32.12 
 
 		 423 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  32.12 
 
 		 423 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33.16 
 
 		 400 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  31.25 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  30.43 
 
 		 425 aa  210  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  32.64 
 
 		 400 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  32.64 
 
 		 416 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.64 
 
 		 416 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.64 
 
 		 416 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  31.14 
 
 		 432 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  34.5 
 
 		 445 aa  208  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  32.3 
 
 		 400 aa  204  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  30.46 
 
 		 428 aa  199  7e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  30.81 
 
 		 422 aa  197  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  29.08 
 
 		 503 aa  159  9e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  29.12 
 
 		 417 aa  147  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.96 
 
 		 467 aa  144  4e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  25.34 
 
 		 501 aa  137  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  25.93 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.98 
 
 		 459 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.46 
 
 		 458 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  26.55 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.96 
 
 		 458 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  27.49 
 
 		 459 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  25.2 
 
 		 404 aa  95.5  1e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  24.3 
 
 		 452 aa  94  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  25.42 
 
 		 422 aa  94.4  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  25.98 
 
 		 405 aa  90.9  4e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  26.58 
 
 		 418 aa  90.1  6e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  23.22 
 
 		 406 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  24.28 
 
 		 638 aa  78.6  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  25.67 
 
 		 633 aa  76.3  0.0000000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.54 
 
 		 425 aa  73.2  0.000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  20.91 
 
 		 425 aa  67  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  23.93 
 
 		 510 aa  63.2  0.000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  21.65 
 
 		 341 aa  60.5  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  21.69 
 
 		 471 aa  58.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  27.48 
 
 		 570 aa  58.2  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.65 
 
 		 677 aa  52.4  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  22.36 
 
 		 409 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  23.2 
 
 		 711 aa  50.1  0.00009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  37.35 
 
 		 1332 aa  48.5  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  31.73 
 
 		 707 aa  47.8  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  20.89 
 
 		 1200 aa  48.1  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  32.98 
 
 		 1732 aa  47.4  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  21.79 
 
 		 500 aa  47  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  25.22 
 
 		 638 aa  46.6  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1434  cell surface protein  23.65 
 
 		 375 aa  46.2  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.195558 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3393  cell surface protein  23.95 
 
 		 564 aa  44.7  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.591831  normal  0.211217 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  23.01 
 
 		 422 aa  43.9  0.005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1287  periplasmic copper-binding  20.59 
 
 		 831 aa  43.5  0.007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.45 
 
 		 685 aa  43.1  0.008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  27.27 
 
 		 1025 aa  43.1  0.009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>