58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1106 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1106  hypothetical protein  100 
 
 
509 aa  1034    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  38.91 
 
 
768 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1378  hypothetical protein  32.01 
 
 
400 aa  141  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.895761  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1979  parallel beta-helix repeat-containing protein  35.48 
 
 
411 aa  137  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0653  hypothetical protein  33.67 
 
 
415 aa  137  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000140192 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2620  parallel beta-helix repeat-containing protein  33.45 
 
 
413 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2801  parallel beta-helix repeat protein  33.1 
 
 
413 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2706  parallel beta-helix repeat protein  33.1 
 
 
413 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2900  hypothetical protein  31.36 
 
 
880 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000339287  hitchhiker  0.00411804 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3272  Parallel beta-helix repeat protein  33.21 
 
 
402 aa  111  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2404  hypothetical protein  29.88 
 
 
883 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.647298  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1658  hypothetical protein  30.15 
 
 
884 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2930  hypothetical protein  28.53 
 
 
907 aa  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2116  hypothetical protein  28.87 
 
 
882 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1474  hypothetical protein  27.61 
 
 
911 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1539  hypothetical protein  27.61 
 
 
911 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.57335  hitchhiker  0.0040034 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1533  hypothetical protein  27.61 
 
 
911 aa  101  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000671911 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1644  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.57 
 
 
423 aa  98.2  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.202542  normal  0.498245 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2283  hypothetical protein  27.73 
 
 
427 aa  90.5  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.95 
 
 
458 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  23.32 
 
 
459 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.6 
 
 
458 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3553  hypothetical protein  22.54 
 
 
453 aa  61.6  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56274  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  26.03 
 
 
423 aa  60.5  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  26.03 
 
 
423 aa  60.5  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  26.95 
 
 
422 aa  59.7  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2618  polymorphic outer membrane protein  27.96 
 
 
863 aa  58.9  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  26.06 
 
 
432 aa  57.8  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  24 
 
 
735 aa  57.4  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  30.22 
 
 
457 aa  57.4  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  23.57 
 
 
428 aa  56.6  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  25.41 
 
 
647 aa  55.5  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  23.65 
 
 
400 aa  55.1  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29690  hypothetical protein  22.9 
 
 
348 aa  54.7  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388142  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  23.73 
 
 
416 aa  53.5  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  23.73 
 
 
400 aa  53.5  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  23.73 
 
 
416 aa  53.5  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  23.73 
 
 
416 aa  53.5  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  26.43 
 
 
431 aa  53.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  26.43 
 
 
431 aa  53.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  22.89 
 
 
467 aa  52  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2549  hypothetical protein  33.33 
 
 
419 aa  51.2  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000354774  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  24.57 
 
 
425 aa  50.4  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2170  hypothetical protein  30.34 
 
 
525 aa  50.4  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6090  cytochrome c class I  31.65 
 
 
446 aa  50.1  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  28.51 
 
 
677 aa  48.1  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  21.23 
 
 
459 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0644  periplasmic copper-binding  26.61 
 
 
1092 aa  47.8  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.167347  normal  0.0259302 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  24.73 
 
 
417 aa  47.4  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2575  Parallel beta-helix repeat protein  25.33 
 
 
495 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.116637  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  27.84 
 
 
899 aa  45.4  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  30.08 
 
 
172 aa  45.4  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0296  hypothetical protein  35.8 
 
 
550 aa  46.2  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.790806  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  23 
 
 
501 aa  45.8  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  24.57 
 
 
423 aa  45.1  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1434  cell surface protein  26.47 
 
 
375 aa  44.7  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.195558 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
800 aa  44.3  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3715  parallel beta-helix repeat-containing protein  22.19 
 
 
563 aa  43.5  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.145721 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>