47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_29690 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_29690  hypothetical protein  100 
 
 
348 aa  687    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388142  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  28.66 
 
 
768 aa  102  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1979  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.06 
 
 
411 aa  65.1  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3553  hypothetical protein  22.73 
 
 
453 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56274  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1106  hypothetical protein  22.9 
 
 
509 aa  55.1  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0653  hypothetical protein  25.28 
 
 
415 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000140192 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  26.69 
 
 
400 aa  52.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3272  Parallel beta-helix repeat protein  22.34 
 
 
402 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2620  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.36 
 
 
413 aa  50.8  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1684  cell surface glycoprotein  30.97 
 
 
871 aa  50.8  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.255762  normal  0.152599 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  25.41 
 
 
431 aa  50.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  25.41 
 
 
431 aa  50.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  28.75 
 
 
400 aa  50.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  28.75 
 
 
416 aa  50.4  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  28.75 
 
 
416 aa  50.4  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  28.75 
 
 
416 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  28.45 
 
 
400 aa  50.1  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2801  parallel beta-helix repeat protein  25.8 
 
 
413 aa  49.7  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2706  parallel beta-helix repeat protein  25.8 
 
 
413 aa  49.7  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  25.79 
 
 
422 aa  48.9  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1539  hypothetical protein  23.1 
 
 
911 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.57335  hitchhiker  0.0040034 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1474  hypothetical protein  23.1 
 
 
911 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2116  hypothetical protein  24.45 
 
 
882 aa  47.4  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  25.71 
 
 
425 aa  47.4  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  26.27 
 
 
454 aa  47.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.07 
 
 
464 aa  47  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.07 
 
 
464 aa  47  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1658  hypothetical protein  21.38 
 
 
884 aa  46.2  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1037  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  25 
 
 
614 aa  45.8  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0761  hypothetical protein  28.22 
 
 
363 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  22.22 
 
 
457 aa  45.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  27.82 
 
 
462 aa  45.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  24.28 
 
 
432 aa  44.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  22.96 
 
 
422 aa  44.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  24.8 
 
 
428 aa  45.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2283  hypothetical protein  26.43 
 
 
427 aa  43.9  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2930  hypothetical protein  22.26 
 
 
907 aa  43.9  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.48 
 
 
459 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1533  hypothetical protein  22.02 
 
 
911 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000671911 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0434  Serine/threonine protein kinase  20.33 
 
 
674 aa  43.9  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000341904  normal  0.409693 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31869  predicted protein  33.33 
 
 
530 aa  43.5  0.005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.736523  normal  0.605369 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  28.36 
 
 
437 aa  43.1  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1329  hypothetical protein  32.24 
 
 
376 aa  43.1  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1312  hypothetical protein  32.24 
 
 
359 aa  43.1  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2900  hypothetical protein  22.34 
 
 
880 aa  43.1  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000339287  hitchhiker  0.00411804 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1348  hypothetical protein  32.24 
 
 
364 aa  42.7  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1644  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.56 
 
 
423 aa  42.7  0.01  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.202542  normal  0.498245 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>