47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2116 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2116  hypothetical protein  100 
 
 
882 aa  1819    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1533  hypothetical protein  77.3 
 
 
911 aa  1380    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000671911 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2404  hypothetical protein  77.21 
 
 
883 aa  1376    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.647298  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2900  hypothetical protein  74.49 
 
 
880 aa  1344    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000339287  hitchhiker  0.00411804 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1658  hypothetical protein  74.89 
 
 
884 aa  1379    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2930  hypothetical protein  77.45 
 
 
907 aa  1364    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1474  hypothetical protein  77.53 
 
 
911 aa  1379    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1539  hypothetical protein  77.41 
 
 
911 aa  1379    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.57335  hitchhiker  0.0040034 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1538  hypothetical protein  49.01 
 
 
394 aa  331  4e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0374559  hitchhiker  0.00216399 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1473  hypothetical protein  49.01 
 
 
394 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00637009  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2901  hypothetical protein  44.68 
 
 
393 aa  328  3e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00324052  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1532  hypothetical protein  48.73 
 
 
394 aa  327  6e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.159244  unclonable  0.000000000103674 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2931  hypothetical protein  47.61 
 
 
390 aa  327  8.000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1657  hypothetical protein  47.88 
 
 
395 aa  322  3e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.646777  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2405  hypothetical protein  44.47 
 
 
411 aa  311  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.774074  normal  0.803755 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2117  hypothetical protein  42.33 
 
 
396 aa  273  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2707  hypothetical protein  44.69 
 
 
367 aa  272  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2621  hypothetical protein  43.75 
 
 
366 aa  269  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.928291  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2802  hypothetical protein  43.75 
 
 
367 aa  265  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0654  hypothetical protein  42.94 
 
 
368 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000736898 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3273  hypothetical protein  43.62 
 
 
345 aa  261  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1980  hypothetical protein  43.02 
 
 
374 aa  261  5.0000000000000005e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78272  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1979  parallel beta-helix repeat-containing protein  39.94 
 
 
411 aa  235  3e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3272  Parallel beta-helix repeat protein  38.87 
 
 
402 aa  228  4e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1377  hypothetical protein  39.78 
 
 
343 aa  226  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2706  parallel beta-helix repeat protein  38.34 
 
 
413 aa  224  6e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2620  parallel beta-helix repeat-containing protein  37.5 
 
 
413 aa  223  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2801  parallel beta-helix repeat protein  38.28 
 
 
413 aa  223  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0653  hypothetical protein  37.83 
 
 
415 aa  215  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000140192 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1378  hypothetical protein  38.53 
 
 
400 aa  205  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.895761  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00205  hypothetical protein  33.04 
 
 
383 aa  185  3e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1644  parallel beta-helix repeat-containing protein  32.05 
 
 
423 aa  170  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.202542  normal  0.498245 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  33.42 
 
 
768 aa  162  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1106  hypothetical protein  28.87 
 
 
509 aa  105  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2914  hypothetical protein  27.99 
 
 
386 aa  105  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.292842  normal  0.0819402 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3850  hypothetical protein  28.37 
 
 
359 aa  100  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0639053  normal  0.226481 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2966  hypothetical protein  26.36 
 
 
366 aa  87.4  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0581802  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2375  glucose/sorbosone dehydrogenases-like  30.04 
 
 
2172 aa  80.9  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.842796  normal  0.181989 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3162  hypothetical protein  26.63 
 
 
366 aa  80.5  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.374745  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3054  hypothetical protein  26.24 
 
 
366 aa  79.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.837847  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2283  hypothetical protein  26.47 
 
 
427 aa  63.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3553  hypothetical protein  24.91 
 
 
453 aa  57  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56274  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5589  hypothetical protein  29.93 
 
 
491 aa  48.1  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29690  hypothetical protein  24.45 
 
 
348 aa  47.4  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388142  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  28.44 
 
 
483 aa  45.4  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  23.44 
 
 
638 aa  44.7  0.007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3203  Ig domain-containing protein  28.47 
 
 
981 aa  44.3  0.009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>