25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0653 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0653  hypothetical protein  100 
 
 
415 aa  842    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000140192 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1979  parallel beta-helix repeat-containing protein  65.45 
 
 
411 aa  529  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1644  parallel beta-helix repeat-containing protein  44.25 
 
 
423 aa  353  4e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.202542  normal  0.498245 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1378  hypothetical protein  46.06 
 
 
400 aa  281  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.895761  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3272  Parallel beta-helix repeat protein  44.47 
 
 
402 aa  281  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2801  parallel beta-helix repeat protein  42.82 
 
 
413 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2706  parallel beta-helix repeat protein  42.82 
 
 
413 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2620  parallel beta-helix repeat-containing protein  43.09 
 
 
413 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1474  hypothetical protein  38.42 
 
 
911 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1539  hypothetical protein  38.42 
 
 
911 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.57335  hitchhiker  0.0040034 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1533  hypothetical protein  37.83 
 
 
911 aa  216  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000671911 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2930  hypothetical protein  37.83 
 
 
907 aa  216  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2116  hypothetical protein  37.83 
 
 
882 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2404  hypothetical protein  36.95 
 
 
883 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.647298  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2900  hypothetical protein  36.8 
 
 
880 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000339287  hitchhiker  0.00411804 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1658  hypothetical protein  37.28 
 
 
884 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  36.16 
 
 
768 aa  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1106  hypothetical protein  33.67 
 
 
509 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2283  hypothetical protein  28.69 
 
 
427 aa  73.9  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29690  hypothetical protein  25.28 
 
 
348 aa  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388142  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3203  Ig domain-containing protein  34.09 
 
 
981 aa  50.8  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3553  hypothetical protein  21.97 
 
 
453 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56274  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1778  hypothetical protein  24.7 
 
 
626 aa  47.8  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.294747  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4979  Carbohydrate-binding family 9  30.97 
 
 
1418 aa  46.2  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.502529  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2594  hypothetical protein  21.26 
 
 
683 aa  43.1  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.397172 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>