More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0258 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
331 aa  667    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  73.4 
 
 
333 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  65.05 
 
 
341 aa  422  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  60.88 
 
 
342 aa  420  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  65.14 
 
 
341 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  54.9 
 
 
303 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2986  dihydrouridine synthase, DuS  63.13 
 
 
219 aa  224  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  33.07 
 
 
378 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.21 
 
 
347 aa  145  9e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  35.29 
 
 
349 aa  142  6e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.48 
 
 
352 aa  142  6e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  36.68 
 
 
384 aa  142  7e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.12 
 
 
354 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.83 
 
 
333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 
347 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  33.57 
 
 
362 aa  139  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.37 
 
 
346 aa  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.92 
 
 
351 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  29.52 
 
 
320 aa  135  8e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  29.13 
 
 
335 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.96 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.77 
 
 
348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.71 
 
 
347 aa  134  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.54 
 
 
370 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.21 
 
 
356 aa  133  3.9999999999999996e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  32.95 
 
 
325 aa  132  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  32.71 
 
 
342 aa  132  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.36 
 
 
335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.26 
 
 
335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.71 
 
 
324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.59 
 
 
327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  34.6 
 
 
333 aa  130  3e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.89 
 
 
335 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.83 
 
 
330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.15 
 
 
335 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  27.62 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.68 
 
 
321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.37 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  36.44 
 
 
352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  28.62 
 
 
324 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  33.71 
 
 
335 aa  126  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  27.86 
 
 
320 aa  126  6e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  30.04 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.45 
 
 
321 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  30.82 
 
 
333 aa  125  9e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  31.64 
 
 
314 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  31.84 
 
 
306 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.77 
 
 
322 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  31.84 
 
 
306 aa  124  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  27.17 
 
 
347 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  31.18 
 
 
326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  32.09 
 
 
331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  31.68 
 
 
326 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  33.21 
 
 
356 aa  120  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.32 
 
 
332 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  31.78 
 
 
312 aa  119  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.7 
 
 
330 aa  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  27.88 
 
 
330 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  27.11 
 
 
326 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  27.11 
 
 
326 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  32.09 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.32 
 
 
333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  30.26 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  33.82 
 
 
333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.3 
 
 
320 aa  117  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.74 
 
 
320 aa  117  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.17 
 
 
306 aa  117  3e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  34.04 
 
 
319 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  33.62 
 
 
319 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  30.63 
 
 
327 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  31.56 
 
 
332 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.48 
 
 
308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  30.31 
 
 
309 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.21 
 
 
327 aa  116  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  31.84 
 
 
324 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  30.11 
 
 
332 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  28.84 
 
 
333 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25.75 
 
 
317 aa  115  7.999999999999999e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.08 
 
 
325 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.8 
 
 
362 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.46 
 
 
326 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1054  dihydrouridine synthase DuS  25.4 
 
 
311 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.57 
 
 
354 aa  115  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  28.73 
 
 
322 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  34.63 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  31.9 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  25.75 
 
 
331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  31.72 
 
 
336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  30.2 
 
 
319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  32.72 
 
 
341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.11 
 
 
331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  30 
 
 
358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  34.63 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  31.58 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  30.15 
 
 
370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  29.41 
 
 
329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  34.34 
 
 
345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.78 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  31.32 
 
 
356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>