More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0098 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
341 aa  691    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  94.13 
 
 
341 aa  630  1e-179  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  65.05 
 
 
331 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  69.94 
 
 
333 aa  436  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  63.89 
 
 
342 aa  429  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  53.27 
 
 
303 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2986  dihydrouridine synthase, DuS  50.25 
 
 
219 aa  202  5e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  37.71 
 
 
378 aa  166  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.62 
 
 
347 aa  150  5e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.65 
 
 
352 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.11 
 
 
347 aa  142  8e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  34.06 
 
 
384 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.81 
 
 
354 aa  138  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.83 
 
 
327 aa  137  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.41 
 
 
348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.28 
 
 
332 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.96 
 
 
333 aa  135  8e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  31.66 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  31.37 
 
 
362 aa  133  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.4 
 
 
346 aa  133  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.53 
 
 
342 aa  132  6.999999999999999e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  28.39 
 
 
335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  32.49 
 
 
333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1645  dihydrouridine synthase DuS  33.73 
 
 
352 aa  130  2.0000000000000002e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.173532 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  32.55 
 
 
349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  30.19 
 
 
320 aa  130  3e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.05 
 
 
343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  29.85 
 
 
338 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  33.33 
 
 
314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  33.73 
 
 
312 aa  129  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.44 
 
 
330 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  30.6 
 
 
305 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.34 
 
 
315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.34 
 
 
330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  28.96 
 
 
330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.08 
 
 
356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  33.19 
 
 
347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.55 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  30.65 
 
 
326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.48 
 
 
320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  31.94 
 
 
356 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.58 
 
 
327 aa  126  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  31.56 
 
 
333 aa  126  6e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  33.48 
 
 
319 aa  126  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  32.34 
 
 
319 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.18 
 
 
337 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.46 
 
 
335 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.69 
 
 
335 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  28.72 
 
 
343 aa  124  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  35.19 
 
 
323 aa  124  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.2 
 
 
320 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  33.05 
 
 
318 aa  124  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.04 
 
 
305 aa  124  2e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.46 
 
 
335 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.46 
 
 
335 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  34.63 
 
 
331 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.84 
 
 
326 aa  124  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  33.73 
 
 
347 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.82 
 
 
309 aa  123  6e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 
322 aa  122  7e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.86 
 
 
362 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  31.15 
 
 
326 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.49 
 
 
319 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.68 
 
 
320 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.94 
 
 
351 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  29.46 
 
 
347 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  34.2 
 
 
323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.79 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.22 
 
 
333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.64 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  33.21 
 
 
341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.26 
 
 
328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.71 
 
 
328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  31.67 
 
 
352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  34.63 
 
 
323 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.45 
 
 
321 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  32.81 
 
 
324 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.27 
 
 
311 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  34.2 
 
 
323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.94 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 
322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 
322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 
322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  34.2 
 
 
323 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.08 
 
 
321 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.84 
 
 
370 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  33.08 
 
 
319 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  34.19 
 
 
332 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.64 
 
 
315 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  31.76 
 
 
325 aa  119  6e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  30.83 
 
 
322 aa  119  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.48 
 
 
327 aa  119  6e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.12 
 
 
348 aa  119  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  33.33 
 
 
319 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.25 
 
 
308 aa  119  7.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  30.08 
 
 
320 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.21 
 
 
332 aa  119  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  32.22 
 
 
324 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  33.76 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  29.93 
 
 
332 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>