More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ava_2169 on replicon NC_007413
Organism: Anabaena variabilis ATCC 29413



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
378 aa  788    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  51.73 
 
 
384 aa  367  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1645  dihydrouridine synthase DuS  37.7 
 
 
352 aa  212  1e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.173532 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  38.14 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  37.71 
 
 
341 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  37.3 
 
 
333 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  32.89 
 
 
342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  33.07 
 
 
331 aa  151  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  35.38 
 
 
347 aa  149  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.91 
 
 
346 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.04 
 
 
347 aa  147  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.97 
 
 
333 aa  145  9e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.91 
 
 
321 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  31.94 
 
 
342 aa  139  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  30.94 
 
 
347 aa  139  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  33.86 
 
 
326 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  33.86 
 
 
326 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.39 
 
 
321 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.2 
 
 
352 aa  137  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  31.75 
 
 
312 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.6 
 
 
354 aa  136  5e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.47 
 
 
348 aa  136  8e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  31.68 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.75 
 
 
325 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  34.4 
 
 
343 aa  134  3e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  38.49 
 
 
336 aa  133  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  29.52 
 
 
344 aa  132  7.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.1 
 
 
324 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.1 
 
 
370 aa  132  7.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.54 
 
 
330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.71 
 
 
326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.64 
 
 
318 aa  130  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  32.67 
 
 
324 aa  129  6e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  32.67 
 
 
324 aa  129  6e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  35.14 
 
 
338 aa  129  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.6 
 
 
343 aa  129  9.000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.4 
 
 
327 aa  129  9.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  32.67 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  32.67 
 
 
332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  32.67 
 
 
332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.67 
 
 
332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.67 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.73 
 
 
332 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  35.24 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.67 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.27 
 
 
332 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  30.92 
 
 
305 aa  127  3e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.73 
 
 
347 aa  127  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  33.88 
 
 
325 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.27 
 
 
332 aa  127  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.23 
 
 
332 aa  126  8.000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  32.5 
 
 
319 aa  125  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.08 
 
 
327 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  30.57 
 
 
333 aa  124  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  33.47 
 
 
356 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  29.89 
 
 
342 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  33.2 
 
 
328 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  33.2 
 
 
328 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.6 
 
 
322 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.69 
 
 
320 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  33.75 
 
 
386 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.82 
 
 
333 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  26.62 
 
 
324 aa  125  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.89 
 
 
329 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  30.77 
 
 
333 aa  124  4e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.98 
 
 
330 aa  123  5e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.47 
 
 
355 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.89 
 
 
332 aa  123  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.47 
 
 
355 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.86 
 
 
333 aa  123  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.93 
 
 
321 aa  122  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.24 
 
 
320 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.94 
 
 
345 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  31.67 
 
 
329 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0426  hypothetical protein  32.08 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  28.71 
 
 
317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0319  hypothetical protein  32.08 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0306  dihydrouridine synthase  32.08 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0334  hypothetical protein  32.08 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  28.12 
 
 
349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.23 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  25.73 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  29.64 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.48 
 
 
355 aa  121  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  30.71 
 
 
322 aa  120  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.6 
 
 
321 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.6 
 
 
321 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0408  hypothetical protein  32.08 
 
 
329 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 
321 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.12 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.12 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.12 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.12 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  30.69 
 
 
327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.12 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.12 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  40.12 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  31.67 
 
 
329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>