More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1054 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_1054  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 311 aa  634    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1884  dihydrouridine synthase DuS  62.9 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000236711  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1482  dihydrouridine synthase family protein  58.2 
 
 		 321 aa  384  1e-106  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000217324  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1273  dihydrouridine synthase family protein  57.88 
 
 		 321 aa  381  1e-105  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.843625  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  33.98 
 
 		 324 aa  209  6e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  25.16 
 
 		 342 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  25.4 
 
 		 331 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  26.43 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  25.32 
 
 		 341 aa  105  7e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  32.07 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  24.6 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0734  tRNA-dihydrouridine synthase  28.09 
 
 		 365 aa  96.7  5e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531142  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  25.65 
 
 		 347 aa  95.1  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  29.25 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  28.46 
 
 		 319 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  28.33 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  25.85 
 
 		 378 aa  91.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  26.87 
 
 		 333 aa  91.7  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  25.56 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  27.08 
 
 		 344 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  26.45 
 
 		 335 aa  90.1  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  27.34 
 
 		 318 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  28.51 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  26.46 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1428  tRNA-dihydrouridine synthase  27.47 
 
 		 330 aa  89  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.874518  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.45 
 
 		 347 aa  87.8  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  26.25 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  26.47 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  26.46 
 
 		 323 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  28.46 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.47 
 
 		 327 aa  86.3  7e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.32 
 
 		 347 aa  85.9  8e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  25.68 
 
 		 323 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  25.2 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  23.08 
 
 		 340 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  28.46 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  26.94 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  27.24 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.11 
 
 		 352 aa  84.7  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0302  dihydrouridine synthase  26.72 
 
 		 329 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  25.24 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  27.24 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  26.72 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.01 
 
 		 370 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0366  hypothetical protein  26.72 
 
 		 329 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  26.72 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0306  dihydrouridine synthase  26.72 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  23.03 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  27 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0426  hypothetical protein  26.72 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0319  hypothetical protein  26.72 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0334  hypothetical protein  26.72 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0408  hypothetical protein  26.72 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  21.78 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1712  dihydrouridine synthase DuS  27.62 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00468676  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  26.23 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  24.34 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  24.69 
 
 		 340 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  23.9 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  22.88 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  25.86 
 
 		 329 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2413  hypothetical protein  26.05 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  21.83 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  25.86 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  25.86 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  23.92 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  26.69 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  27.67 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  23.87 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25.22 
 
 		 348 aa  79.3  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  25.43 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.3 
 
 		 351 aa  79  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.31 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  29.48 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.35 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  27.09 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  23.27 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  23.25 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.69 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  22.97 
 
 		 384 aa  77  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  25.9 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.39 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  22.22 
 
 		 336 aa  75.9  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  25.62 
 
 		 347 aa  75.9  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.21 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  26.21 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  26.21 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.21 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  24.29 
 
 		 317 aa  75.9  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.21 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  26.4 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.69 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  27.27 
 
 		 331 aa  75.5  0.000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  21.51 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  24.7 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  23.23 
 
 		 353 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  24.13 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  20.12 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  23.73 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  27.17 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>