More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2413 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP2413  hypothetical protein  100 
 
 		 326 aa  674    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  92.21 
 
 		 328 aa  597  1e-169  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  92.21 
 
 		 328 aa  597  1e-169  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0426  hypothetical protein  75.31 
 
 		 329 aa  499  1e-140  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0306  dihydrouridine synthase  75.62 
 
 		 329 aa  500  1e-140  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0408  hypothetical protein  75.16 
 
 		 329 aa  499  1e-140  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  75.08 
 
 		 329 aa  499  1e-140  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0319  hypothetical protein  74.53 
 
 		 329 aa  496  1e-139  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0334  hypothetical protein  74.53 
 
 		 329 aa  496  1e-139  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  74.92 
 
 		 319 aa  495  1e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  75.08 
 
 		 329 aa  491  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0302  dihydrouridine synthase  74.69 
 
 		 329 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0366  hypothetical protein  73.91 
 
 		 329 aa  490  1e-137  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  74.76 
 
 		 329 aa  489  1e-137  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0734  tRNA-dihydrouridine synthase  53.44 
 
 		 365 aa  341  1e-92  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531142  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1428  tRNA-dihydrouridine synthase  51.39 
 
 		 330 aa  332  6e-90  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.874518  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0761  putative histidine phosphokinase/phophatase  35.37 
 
 		 329 aa  179  4.999999999999999e-44  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  33.01 
 
 		 329 aa  140  3e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.85 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.02 
 
 		 358 aa  139  6e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.68 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.79 
 
 		 345 aa  137  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  32.17 
 
 		 327 aa  135  9e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.88 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 		 354 aa  132  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.52 
 
 		 337 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.02 
 
 		 347 aa  132  9e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.89 
 
 		 335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.03 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.94 
 
 		 335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.12 
 
 		 354 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 		 329 aa  129  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.97 
 
 		 356 aa  129  8.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.36 
 
 		 352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.1 
 
 		 329 aa  128  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.57 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.03 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  28.52 
 
 		 326 aa  126  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  28.52 
 
 		 326 aa  126  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  28.21 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  29.01 
 
 		 336 aa  125  8.000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.4 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  32.19 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.87 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.3 
 
 		 357 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  31.51 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  31 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.46 
 
 		 347 aa  122  8e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  35 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  28.21 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.13 
 
 		 336 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.13 
 
 		 336 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  32.37 
 
 		 378 aa  119  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.07 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  28.8 
 
 		 342 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  28.75 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  27.81 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  33.76 
 
 		 384 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  28.12 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  28.9 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  28.75 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.9 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  26.73 
 
 		 347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.17 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  28.08 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  30.65 
 
 		 342 aa  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.73 
 
 		 322 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  27.5 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  27.6 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  28.25 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.16 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  27.88 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.79 
 
 		 400 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.5 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  26.48 
 
 		 349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.75 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  27.53 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  29.29 
 
 		 415 aa  109  7.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.3 
 
 		 334 aa  109  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27 
 
 		 370 aa  109  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.9 
 
 		 320 aa  109  7.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.96 
 
 		 321 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.67 
 
 		 394 aa  108  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  28.7 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.44 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  30.21 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  31.91 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  30.25 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.62 
 
 		 380 aa  107  4e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  24.92 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  27.78 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1712  dihydrouridine synthase DuS  26.45 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00468676  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  28.53 
 
 		 328 aa  106  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.63 
 
 		 379 aa  106  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  30.96 
 
 		 344 aa  105  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.56 
 
 		 343 aa  106  7e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  26.99 
 
 		 388 aa  105  8e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.08 
 
 		 396 aa  105  9e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.91 
 
 		 351 aa  105  9e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.84 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>