More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sterm_1712 on replicon NC_013517
Organism: Sebaldella termitidis ATCC 33386



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013517  Sterm_1712  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
309 aa  628  1e-179  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00468676  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  42.52 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.13 
 
 
327 aa  206  5e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  34.82 
 
 
319 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.2 
 
 
324 aa  200  3e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.92 
 
 
328 aa  193  4e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.64 
 
 
333 aa  192  6e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.23 
 
 
322 aa  185  7e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  33.88 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.66 
 
 
320 aa  182  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.23 
 
 
318 aa  179  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.66 
 
 
322 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.97 
 
 
326 aa  179  7e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.97 
 
 
326 aa  179  7e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.12 
 
 
321 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  33.23 
 
 
306 aa  176  3e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  33.23 
 
 
306 aa  176  3e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.84 
 
 
321 aa  175  7e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  32.13 
 
 
329 aa  175  8e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.78 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.13 
 
 
326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.75 
 
 
324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  33.78 
 
 
317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  33.11 
 
 
325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  33.57 
 
 
321 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  33.22 
 
 
347 aa  172  6.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.11 
 
 
333 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  32.78 
 
 
332 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  32.78 
 
 
332 aa  171  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.45 
 
 
321 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.45 
 
 
321 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.45 
 
 
321 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.45 
 
 
321 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.45 
 
 
321 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  33.11 
 
 
332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  32.78 
 
 
324 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.11 
 
 
332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.65 
 
 
322 aa  170  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.78 
 
 
332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  32.78 
 
 
324 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.1 
 
 
321 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.57 
 
 
332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.22 
 
 
332 aa  170  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.57 
 
 
332 aa  169  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  34.3 
 
 
335 aa  169  5e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.44 
 
 
328 aa  169  7e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.58 
 
 
343 aa  169  7e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  36.51 
 
 
308 aa  169  8e-41  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.77 
 
 
317 aa  168  1e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.72 
 
 
346 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.15 
 
 
327 aa  168  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  34.12 
 
 
347 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.8 
 
 
321 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  32.54 
 
 
319 aa  166  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.8 
 
 
321 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  29.39 
 
 
342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.8 
 
 
321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.23 
 
 
325 aa  165  9e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.64 
 
 
388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.89 
 
 
348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  30.72 
 
 
333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  30 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  30.84 
 
 
341 aa  163  3e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.92 
 
 
353 aa  163  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.05 
 
 
330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.78 
 
 
347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.92 
 
 
328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  33.81 
 
 
320 aa  162  9e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.75 
 
 
321 aa  162  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.75 
 
 
321 aa  162  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.19 
 
 
325 aa  161  1e-38  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.75 
 
 
355 aa  161  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.9 
 
 
321 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.88 
 
 
400 aa  161  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.44 
 
 
335 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  30.39 
 
 
330 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.03 
 
 
331 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.82 
 
 
354 aa  159  4e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.52 
 
 
321 aa  159  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.83 
 
 
330 aa  160  4e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.09 
 
 
321 aa  160  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  30.13 
 
 
336 aa  160  4e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  31.25 
 
 
352 aa  159  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  29.12 
 
 
333 aa  159  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  29.75 
 
 
334 aa  159  7e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.11 
 
 
335 aa  158  9e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  29.87 
 
 
333 aa  158  9e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  30.29 
 
 
356 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  29.94 
 
 
350 aa  158  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.9 
 
 
398 aa  158  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.78 
 
 
335 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  30.88 
 
 
322 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>