More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene OEOE_1428 on replicon NC_008528
Organism: Oenococcus oeni PSU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008528  OEOE_1428  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 		 330 aa  687    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.874518  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0734  tRNA-dihydrouridine synthase  56.52 
 
 		 365 aa  402  1e-111  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531142  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2413  hypothetical protein  51.39 
 
 		 326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  50.46 
 
 		 328 aa  319  3.9999999999999996e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  50.46 
 
 		 328 aa  319  3.9999999999999996e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0426  hypothetical protein  51.69 
 
 		 329 aa  310  2e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0319  hypothetical protein  51.69 
 
 		 329 aa  309  4e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0334  hypothetical protein  51.69 
 
 		 329 aa  309  4e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0408  hypothetical protein  51.21 
 
 		 329 aa  309  4e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0302  dihydrouridine synthase  51.69 
 
 		 329 aa  308  8e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0366  hypothetical protein  51.69 
 
 		 329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0306  dihydrouridine synthase  51.38 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  50.77 
 
 		 319 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  51.38 
 
 		 329 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  51.08 
 
 		 329 aa  305  9.000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  50.77 
 
 		 329 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0761  putative histidine phosphokinase/phophatase  37.58 
 
 		 329 aa  179  4.999999999999999e-44  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.13 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.66 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.91 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.99 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.23 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  27.36 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.06 
 
 		 337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  32.38 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  29.7 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  30.77 
 
 		 347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.63 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.75 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.8 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.37 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.81 
 
 		 358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.33 
 
 		 350 aa  109  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.13 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.23 
 
 		 347 aa  108  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.27 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.27 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.8 
 
 		 330 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  30.45 
 
 		 327 aa  106  5e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  28.06 
 
 		 330 aa  106  6e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.23 
 
 		 352 aa  106  6e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.3 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  30 
 
 		 321 aa  106  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.18 
 
 		 370 aa  105  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  26.56 
 
 		 378 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  28.28 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  29.62 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  29.06 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.63 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  30.82 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.88 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.33 
 
 		 348 aa  104  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  30.12 
 
 		 336 aa  105  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.41 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  29.19 
 
 		 330 aa  104  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  32.33 
 
 		 351 aa  102  9e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  32.08 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.21 
 
 		 354 aa  101  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.72 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.06 
 
 		 351 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.43 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.1 
 
 		 347 aa  100  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.82 
 
 		 335 aa  99.8  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  29.55 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.1 
 
 		 328 aa  100  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.27 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  26.03 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  27.61 
 
 		 332 aa  97.4  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.33 
 
 		 320 aa  97.4  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  26.9 
 
 		 336 aa  97.8  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  28.33 
 
 		 345 aa  96.7  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.17 
 
 		 327 aa  96.3  6e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  28.88 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  29.13 
 
 		 315 aa  96.3  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  25.7 
 
 		 326 aa  96.3  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  25.7 
 
 		 326 aa  96.3  7e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.9 
 
 		 319 aa  95.9  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  32.34 
 
 		 362 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  27.19 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  28.33 
 
 		 384 aa  94.7  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.59 
 
 		 362 aa  95.1  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.61 
 
 		 347 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.29 
 
 		 326 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  28.74 
 
 		 315 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  28.12 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.96 
 
 		 327 aa  94  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  28.74 
 
 		 315 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  26.33 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  25.62 
 
 		 333 aa  93.6  4e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  26.84 
 
 		 325 aa  93.6  4e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  29.39 
 
 		 348 aa  93.2  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.81 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.61 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  27.3 
 
 		 301 aa  93.2  6e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  29.18 
 
 		 319 aa  93.2  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1418  tRNA-dihydrouridine synthase A  30.17 
 
 		 330 aa  92.8  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  30.24 
 
 		 330 aa  92.8  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  30.17 
 
 		 315 aa  92.8  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  28.35 
 
 		 319 aa  92.8  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>