More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03597 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 348 aa  728    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.99 
 
 		 345 aa  461  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.59 
 
 		 328 aa  425  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.89 
 
 		 329 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.26 
 
 		 345 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  62.26 
 
 		 345 aa  413  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.26 
 
 		 345 aa  413  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.26 
 
 		 347 aa  413  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.34 
 
 		 331 aa  411  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.26 
 
 		 339 aa  412  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.82 
 
 		 326 aa  413  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.03 
 
 		 347 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  62.26 
 
 		 345 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  60 
 
 		 334 aa  411  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.26 
 
 		 347 aa  413  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.57 
 
 		 336 aa  409  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.71 
 
 		 332 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.56 
 
 		 345 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.71 
 
 		 332 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.71 
 
 		 332 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.71 
 
 		 332 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.9 
 
 		 340 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.82 
 
 		 340 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.79 
 
 		 335 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.01 
 
 		 345 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.21 
 
 		 331 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  61 
 
 		 338 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.25 
 
 		 327 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  61.2 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  60.65 
 
 		 315 aa  402  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.13 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.54 
 
 		 327 aa  402  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.79 
 
 		 327 aa  402  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.38 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.44 
 
 		 349 aa  401  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.25 
 
 		 340 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.79 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.49 
 
 		 343 aa  403  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.79 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.79 
 
 		 339 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  61.23 
 
 		 344 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.74 
 
 		 330 aa  396  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.73 
 
 		 345 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.04 
 
 		 345 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.73 
 
 		 345 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 335 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.28 
 
 		 328 aa  376  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.03 
 
 		 360 aa  372  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.19 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.28 
 
 		 336 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.59 
 
 		 337 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.8 
 
 		 346 aa  368  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.25 
 
 		 331 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.86 
 
 		 344 aa  366  1e-100  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.29 
 
 		 300 aa  363  3e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.63 
 
 		 331 aa  362  7.0000000000000005e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.03 
 
 		 336 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.39 
 
 		 336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.78 
 
 		 321 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.41 
 
 		 331 aa  354  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.34 
 
 		 332 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.29 
 
 		 343 aa  352  5e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.43 
 
 		 336 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.05 
 
 		 333 aa  352  5.9999999999999994e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.15 
 
 		 335 aa  352  7e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.72 
 
 		 341 aa  351  8e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.37 
 
 		 334 aa  349  3e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  53.23 
 
 		 376 aa  349  5e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2513  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.35 
 
 		 341 aa  348  8e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.11 
 
 		 339 aa  347  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.03 
 
 		 336 aa  347  1e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.47 
 
 		 332 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.87 
 
 		 337 aa  345  5e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.54 
 
 		 340 aa  345  8.999999999999999e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.54 
 
 		 340 aa  345  8.999999999999999e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  56.33 
 
 		 333 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.29 
 
 		 337 aa  344  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3621  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.96 
 
 		 336 aa  344  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00174952  normal  0.0743499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.87 
 
 		 318 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.47 
 
 		 330 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.58 
 
 		 337 aa  342  4e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.81 
 
 		 342 aa  342  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2153  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.33 
 
 		 344 aa  342  5e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.37 
 
 		 442 aa  341  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.46 
 
 		 342 aa  341  1e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.96 
 
 		 357 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1943  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.19 
 
 		 331 aa  340  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.37 
 
 		 339 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.37 
 
 		 339 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.37 
 
 		 436 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.56 
 
 		 352 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.37 
 
 		 339 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.37 
 
 		 339 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.37 
 
 		 339 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.02 
 
 		 331 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  49.69 
 
 		 336 aa  338  7e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0110  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.39 
 
 		 328 aa  338  7e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.68 
 
 		 331 aa  338  9e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.49 
 
 		 333 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.33 
 
 		 347 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>