More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1884 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1884  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 318 aa  659    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000236711  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1054  dihydrouridine synthase DuS  62.9 
 
 		 311 aa  425  1e-118  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1482  dihydrouridine synthase family protein  55.56 
 
 		 321 aa  371  1e-102  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000217324  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1273  dihydrouridine synthase family protein  54.6 
 
 		 321 aa  365  1e-100  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.843625  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  33.12 
 
 		 324 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  26.47 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  25.4 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  25.48 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  28.76 
 
 		 347 aa  97.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  30.96 
 
 		 305 aa  95.9  7e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  25.88 
 
 		 378 aa  95.9  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0734  tRNA-dihydrouridine synthase  28 
 
 		 365 aa  94  3e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531142  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.55 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  24.44 
 
 		 341 aa  92.8  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  23.15 
 
 		 341 aa  92.4  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.67 
 
 		 354 aa  91.3  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1712  dihydrouridine synthase DuS  27.73 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00468676  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  28.33 
 
 		 342 aa  89.7  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25.99 
 
 		 348 aa  89  9e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.21 
 
 		 347 aa  89  9e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.32 
 
 		 352 aa  89  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  26.83 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.69 
 
 		 346 aa  88.6  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  24.35 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  26.64 
 
 		 333 aa  87  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1428  tRNA-dihydrouridine synthase  25.75 
 
 		 330 aa  86.7  5e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.874518  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  27.05 
 
 		 323 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  28.57 
 
 		 329 aa  85.9  9e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  27.05 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0302  dihydrouridine synthase  28.57 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0366  hypothetical protein  28.57 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0426  hypothetical protein  29.61 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0319  hypothetical protein  29.61 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0306  dihydrouridine synthase  29.61 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  27.4 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  28.14 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0334  hypothetical protein  29.61 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.16 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2413  hypothetical protein  28.33 
 
 		 326 aa  83.6  0.000000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0408  hypothetical protein  29.18 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  25.47 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.32 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  26.29 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  26.29 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  26.64 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.31 
 
 		 347 aa  82.8  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  27.59 
 
 		 329 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  30.13 
 
 		 328 aa  82.4  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  25 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  25.08 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.47 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  22.29 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  30.13 
 
 		 328 aa  82.4  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  27.71 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  25.62 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  24.76 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  25.51 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  26.72 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.29 
 
 		 333 aa  80.5  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  27.08 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  24.76 
 
 		 335 aa  80.1  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  25.51 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  24.11 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  26.07 
 
 		 344 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  26.89 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  25.61 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  25.61 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  26.58 
 
 		 333 aa  79  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  21.22 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  31.32 
 
 		 335 aa  79  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  27.59 
 
 		 384 aa  79  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_002620  TC0013  NifR3/Smm1 family protein  25.32 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  25.64 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  22.22 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  24.57 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  27.65 
 
 		 343 aa  77.4  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  25.43 
 
 		 340 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  24.79 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.28 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  23.28 
 
 		 330 aa  75.9  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  23.32 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.69 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  26.61 
 
 		 349 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  26.5 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.83 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  25.42 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13664  predicted protein  26.92 
 
 		 545 aa  75.1  0.000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  24.57 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.84 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  27.53 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.43 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  21.52 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  25.21 
 
 		 376 aa  74.3  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_1214  predicted protein  25.52 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.39 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  25.11 
 
 		 352 aa  72.8  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  27.13 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  26.84 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  20.95 
 
 		 325 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  25.2 
 
 		 336 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>