180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0464 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0464  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 452 aa  898    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.364922  normal  0.192606 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6153  extracellular solute-binding protein  74.12 
 
 		 451 aa  671    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.916687 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0630  extracellular solute-binding protein  67.7 
 
 		 483 aa  573  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.679852 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7590  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  28.3 
 
 		 447 aa  93.6  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 		 444 aa  83.6  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.06 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1180  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.76 
 
 		 421 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.409061  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 464 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 410 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1773  extracellular solute-binding protein family 1  23.76 
 
 		 421 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0165592 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 410 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5331  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  23.1 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998389  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1666  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 421 aa  75.5  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.32 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.12 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3151  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 426 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2834  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.873121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2662  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 433 aa  70.9  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.377519  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0637  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 425 aa  70.1  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0475  extracellular solute-binding protein family 1  24.5 
 
 		 397 aa  69.7  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0174  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 426 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.396862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 402 aa  67.8  0.0000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6664  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 452 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0129  extracellular solute-binding protein family 1  22.35 
 
 		 426 aa  66.6  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2418  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 		 447 aa  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3430  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23010  extracellular solute-binding protein family 1  24.03 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000978171  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.52 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5306  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 431 aa  63.5  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0770  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 		 444 aa  63.5  0.000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  27.55 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  26.24 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  22.71 
 
 		 445 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0224  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2252  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 469 aa  60.1  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00844632  hitchhiker  0.0063434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0656  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 		 431 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.31335 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 424 aa  58.5  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2709  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3527  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 436 aa  57.8  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0448  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 441 aa  57  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2052  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 438 aa  55.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2055  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 436 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.822621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  22.85 
 
 		 446 aa  55.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5465  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 434 aa  55.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.355429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01810  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  36.89 
 
 		 415 aa  55.8  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 		 448 aa  55.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2712  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.42 
 
 		 443 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.290307  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0395  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.42 
 
 		 443 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.954301  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2057  extracellular solute-binding protein family 1  28.19 
 
 		 421 aa  55.1  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.112802  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0374  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.42 
 
 		 444 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  23.72 
 
 		 437 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.77 
 
 		 407 aa  53.9  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1492  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 421 aa  53.9  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3697  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 441 aa  53.9  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3509  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 441 aa  53.9  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.839022  normal  0.0272066 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2093  glycerol-3-phosphate ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  28.23 
 
 		 435 aa  53.5  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.107678  normal  0.487826 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4134  extracellular solute-binding protein family 1  24.9 
 
 		 437 aa  53.5  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0791  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 		 399 aa  53.5  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.418273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1265  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 		 446 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0284  extracellular solute-binding protein family 1  28.93 
 
 		 414 aa  52.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3492  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 444 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3021  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 441 aa  52.8  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0403  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 426 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.512139  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0284  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 		 410 aa  52.8  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0514987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0253  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.33 
 
 		 424 aa  52.4  0.00001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3553  hypothetical protein  21.02 
 
 		 427 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 431 aa  52.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0476  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 		 401 aa  53.1  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2744  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 441 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3726  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 441 aa  52.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.268589  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3306  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 431 aa  52.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3209  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 441 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0248662  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1760  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 441 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2794  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 441 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  21.14 
 
 		 423 aa  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0298  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 444 aa  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2624  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 444 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3755  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 441 aa  51.6  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9091  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.51 
 
 		 422 aa  51.6  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3650  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 436 aa  51.2  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.144474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  25.47 
 
 		 428 aa  51.2  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2535  extracellular solute-binding protein family 1  29.6 
 
 		 418 aa  50.8  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.105932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4373  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 437 aa  50.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.104197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 		 442 aa  50.4  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 444 aa  50.4  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2014  sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein ugpB precursor  23.48 
 
 		 433 aa  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.167012  hitchhiker  0.0071297 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  28.24 
 
 		 437 aa  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0538  glycerol-3-phosphate ABC transporter glycerol-3-phosphate-binding protein  25.32 
 
 		 458 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.406699  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0569  glycerol-3-phosphate ABC transporter glycerol-3-phosphate-binding protein  25.32 
 
 		 458 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0446  extracellular solute-binding protein family 1  26.81 
 
 		 424 aa  49.7  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.900099  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2859  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 417 aa  49.3  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.511665  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0314  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.13 
 
 		 444 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 411 aa  49.7  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 415 aa  49.7  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 420 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1696  extracellular solute-binding protein  21.23 
 
 		 436 aa  49.7  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00506774  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2659  extracellular solute-binding protein family 1  24.45 
 
 		 431 aa  49.7  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00136924  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 415 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>