More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0129 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0129  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 426 aa  870    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0174  extracellular solute-binding protein  91.31 
 
 		 426 aa  791    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.396862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3151  extracellular solute-binding protein  89.67 
 
 		 426 aa  799    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.345086 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1180  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  42.08 
 
 		 421 aa  329  6e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.409061  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1666  extracellular solute-binding protein  41.75 
 
 		 421 aa  321  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1773  extracellular solute-binding protein family 1  42.12 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0165592 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5331  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  38.42 
 
 		 431 aa  258  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998389  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0637  extracellular solute-binding protein  37.78 
 
 		 425 aa  255  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3553  hypothetical protein  36.45 
 
 		 427 aa  255  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7590  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  37.24 
 
 		 447 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 		 444 aa  152  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 464 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2834  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.873121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  29.45 
 
 		 441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2252  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 469 aa  125  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00844632  hitchhiker  0.0063434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6664  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 452 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 445 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0322  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 		 435 aa  111  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0753  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0289  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 437 aa  107  5e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000019091  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 		 445 aa  106  7e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0721  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 437 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540981  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0075  extracellular solute-binding protein family 1  26.04 
 
 		 441 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0845  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 435 aa  104  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 		 448 aa  101  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0631  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 435 aa  100  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1696  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 436 aa  100  6e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00506774  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0955  extracellular solute-binding protein family 1  27.72 
 
 		 437 aa  99.4  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.152307 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4733  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  23.77 
 
 		 458 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0224  extracellular solute-binding protein  25.06 
 
 		 431 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18880  carbohydrate-binding protein  27.45 
 
 		 460 aa  97.4  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.141989  normal  0.173455 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0632  glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein, putative  23.5 
 
 		 458 aa  97.4  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0482  glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  23.5 
 
 		 458 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0625  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  23.5 
 
 		 458 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0483  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 458 aa  97.1  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3527  extracellular solute-binding protein family 1  30.23 
 
 		 436 aa  97.1  6e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0538  glycerol-3-phosphate ABC transporter glycerol-3-phosphate-binding protein  23.5 
 
 		 458 aa  96.7  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.406699  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0480  glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  23.5 
 
 		 458 aa  96.7  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0569  glycerol-3-phosphate ABC transporter glycerol-3-phosphate-binding protein  23.5 
 
 		 458 aa  96.7  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2845  extracellular solute-binding protein family 1  26.27 
 
 		 439 aa  96.3  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0656  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 		 431 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.31335 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0606  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  23.5 
 
 		 458 aa  96.3  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.06 
 
 		 407 aa  95.5  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30840  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.43 
 
 		 463 aa  95.5  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3270  extracellular solute-binding protein family 1  27.98 
 
 		 435 aa  93.2  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543416  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0700  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  23.22 
 
 		 458 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2662  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 433 aa  92.4  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.377519  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3306  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 431 aa  92  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3386  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 		 440 aa  92  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0061  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 462 aa  92  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2659  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 		 431 aa  91.3  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00136924  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0770  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 		 444 aa  90.9  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5306  extracellular solute-binding protein  25.06 
 
 		 431 aa  90.5  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1527  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 		 465 aa  86.7  8e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.922727  normal  0.377984 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0476  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4566  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 453 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0314  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.71 
 
 		 444 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0113  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.270734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1508  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 		 451 aa  79.7  0.00000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.55774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2303  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 		 480 aa  79.3  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.316955  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03302  glycerol-3-phosphate transporter subunit  23.28 
 
 		 438 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0262  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 		 438 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0323  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.43 
 
 		 444 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.839712 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5587  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 456 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0791  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 		 399 aa  78.6  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.418273 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3492  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.51 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3282  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 435 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0298  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.51 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03255  hypothetical protein  23.28 
 
 		 438 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0263  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.28 
 
 		 438 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4767  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.28 
 
 		 438 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.552805 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 427 aa  79  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3650  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.28 
 
 		 438 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 411 aa  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6153  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 451 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.916687 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2846  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 		 435 aa  77.8  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.687638 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2709  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.04 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.34 
 
 		 411 aa  77.4  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2712  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.97 
 
 		 443 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.290307  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3931  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.02 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0395  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.97 
 
 		 443 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.954301  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0340  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 419 aa  77  0.0000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0125  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3870  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.02 
 
 		 438 aa  76.6  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0374  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.97 
 
 		 444 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3732  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.02 
 
 		 438 aa  76.3  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2451  extracellular solute-binding protein family 1  25.84 
 
 		 449 aa  76.3  0.0000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.135643  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0270  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.562219  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0894  extracellular solute-binding protein family 1  27.23 
 
 		 470 aa  75.5  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.444762  normal  0.144357 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2195  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 		 450 aa  75.1  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3697  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.83 
 
 		 441 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3856  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.86 
 
 		 440 aa  74.7  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.64819 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.68 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2663  extracellular solute-binding protein family 1  26.86 
 
 		 468 aa  74.7  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0188  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 420 aa  74.3  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1459  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.4 
 
 		 457 aa  73.9  0.000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>