More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2055 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1264  glycerol-3-phosphate-binding periplasmic lipoprotein signal peptide  73.74 
 
 
438 aa  685    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.400828  normal  0.517414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1185  extracellular solute-binding protein family 1  74.89 
 
 
438 aa  680    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.276437  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2052  extracellular solute-binding protein  78.77 
 
 
438 aa  723    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2055  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
436 aa  905    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.822621  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1092  extracellular solute-binding protein family 1  75.11 
 
 
438 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503452  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4134  extracellular solute-binding protein family 1  67.07 
 
 
437 aa  580  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5465  extracellular solute-binding protein  66.02 
 
 
434 aa  570  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.355429  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3650  extracellular solute-binding protein  65.53 
 
 
436 aa  566  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.144474  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1287  extracellular solute-binding protein  65.53 
 
 
435 aa  560  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0857  extracellular solute-binding protein  64.41 
 
 
437 aa  550  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.221606 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0862  extracellular solute-binding protein  62.44 
 
 
437 aa  545  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.597127 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0791  extracellular solute-binding protein family 1  62.2 
 
 
437 aa  542  1e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.721808  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3928  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.36 
 
 
438 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3748  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.36 
 
 
438 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3826  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.59 
 
 
438 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3759  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.59 
 
 
438 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3869  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.59 
 
 
438 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3509  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.23 
 
 
441 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.839022  normal  0.0272066 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0125  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.09 
 
 
444 aa  538  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2709  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  59.53 
 
 
441 aa  537  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0117  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  59.91 
 
 
444 aa  533  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0256  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.66 
 
 
439 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0448  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  59.53 
 
 
441 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3962  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.66 
 
 
439 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4045  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  61.56 
 
 
439 aa  531  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.661181  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3655  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.43 
 
 
439 aa  530  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0234  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  59.76 
 
 
439 aa  528  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.500336 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3856  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.68 
 
 
440 aa  526  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.64819 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3861  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  61.31 
 
 
439 aa  526  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3931  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.24 
 
 
438 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03302  glycerol-3-phosphate transporter subunit  60 
 
 
438 aa  524  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0262  extracellular solute-binding protein family 1  60 
 
 
438 aa  524  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3650  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60 
 
 
438 aa  524  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03255  hypothetical protein  60 
 
 
438 aa  524  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3021  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.7 
 
 
441 aa  521  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3732  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60.19 
 
 
438 aa  523  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0374  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  57.97 
 
 
444 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2712  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  57.97 
 
 
443 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.290307  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0263  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60 
 
 
438 aa  524  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0395  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  57.97 
 
 
443 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.954301  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0111  putative glycerol 3-phosphate transport protein, ugpB-like protein  60.58 
 
 
438 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.877787 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4767  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60 
 
 
438 aa  524  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.552805 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3870  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  60 
 
 
438 aa  523  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2744  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.43 
 
 
441 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3726  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.43 
 
 
441 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.268589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3209  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.43 
 
 
441 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0248662  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1760  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.43 
 
 
441 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3697  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.24 
 
 
441 aa  521  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3755  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.43 
 
 
441 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2794  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  58.43 
 
 
441 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0298  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  57.47 
 
 
444 aa  519  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0323  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  57.51 
 
 
444 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.839712 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3492  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  57.74 
 
 
444 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0314  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  57.27 
 
 
444 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1265  extracellular solute-binding protein family 1  57.18 
 
 
446 aa  513  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1646  extracellular solute-binding protein  58.55 
 
 
440 aa  504  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.143266 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0604  extracellular solute-binding protein  57.38 
 
 
433 aa  504  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4664  extracellular solute-binding protein  54.86 
 
 
448 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3686  extracellular solute-binding protein  54.05 
 
 
460 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4449  extracellular solute-binding protein  57.97 
 
 
446 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00843107  normal  0.115126 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0097  extracellular solute-binding protein  54.59 
 
 
434 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4373  extracellular solute-binding protein  54.73 
 
 
437 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.104197  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5274  extracellular solute-binding protein family 1  53.23 
 
 
442 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0646  extracellular solute-binding protein  56.09 
 
 
441 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.206924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0186  extracellular solute-binding protein  56.14 
 
 
441 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0404  extracellular solute-binding protein  53.1 
 
 
438 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0714  ABC transporter substrate-binding protein  52.74 
 
 
429 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06396  ABC-type sugar transport system periplasmic protein  55.71 
 
 
435 aa  476  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0060  extracellular solute-binding protein family 1  55.07 
 
 
442 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2014  sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein ugpB precursor  54.17 
 
 
433 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.167012  hitchhiker  0.0071297 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2093  glycerol-3-phosphate ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  53.05 
 
 
435 aa  468  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.107678  normal  0.487826 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0849  extracellular solute-binding protein  52.55 
 
 
434 aa  466  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0177782  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2738  extracellular solute-binding protein  53.83 
 
 
438 aa  462  1e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.345118  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5204  extracellular solute-binding protein family 1  52.8 
 
 
440 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306263 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0655  glycerol-3-phosphate ABC transporter, periplasmic glycerol-3-phosphate-binding protein  51.93 
 
 
433 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.454035  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3710  extracellular solute-binding protein  51.2 
 
 
431 aa  448  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00279907  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1881  extracellular solute-binding protein family 1  52.03 
 
 
445 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000340671  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3750  extracellular solute-binding protein  49.53 
 
 
433 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316129  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0617  glycerol-3-phosphate ABC transporter, periplasmic glycerol-3-phosphate-binding protein  51.21 
 
 
444 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2173  extracellular solute-binding protein family 1  51.18 
 
 
445 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00822083  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3290  ABC glycerol-3-phosphate transporter, periplasmic binding protein, UgpB  51.52 
 
 
431 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4022  extracellular solute-binding protein  51.28 
 
 
431 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4190  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
431 aa  427  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3285  hypothetical protein  49.88 
 
 
431 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339711  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0349  glycerol-3-phosphate ABC transporter, periplasmic glycerol-3-phosphate-binding protein  46.51 
 
 
441 aa  412  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3282  extracellular solute-binding protein  44.98 
 
 
435 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5587  extracellular solute-binding protein  45.19 
 
 
456 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1155  glycerol-3-phosphate ABC transporter, periplasmic glycerol-3-phosphate-binding protein  42.39 
 
 
434 aa  360  3e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2075  extracellular solute-binding protein  42.92 
 
 
433 aa  351  1e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.235936 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3003  extracellular solute-binding protein  41.91 
 
 
442 aa  328  8e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0354  ABC transporter substrate binding protein (sn-glycerol 3-phosphate)  40.79 
 
 
432 aa  327  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6261  extracellular solute-binding protein family 1  40.33 
 
 
428 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689417 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5507  ABC transporter substrate binding protein (glycerol 3-phosphate)  38 
 
 
447 aa  303  6.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0724145  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4001  extracellular solute-binding protein family 1  37.84 
 
 
442 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131149  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3119  extracellular solute-binding protein family 1  39.01 
 
 
451 aa  275  8e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2351  extracellular solute-binding protein family 1  37.35 
 
 
435 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456809  normal  0.0969201 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2199  hypothetical protein  37.17 
 
 
437 aa  269  5.9999999999999995e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3391  extracellular solute-binding protein family 1  38.72 
 
 
451 aa  269  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.297931 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2227  hypothetical protein  36.93 
 
 
437 aa  265  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1650  extracellular solute-binding protein family 1  33 
 
 
420 aa  210  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>