More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3862 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3862  secretion protein-like protein  100 
 
 
456 aa  920    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.941945  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3047  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  38.41 
 
 
477 aa  286  7e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.666099  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6210  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  35.76 
 
 
480 aa  246  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.596847  normal  0.481561 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6406  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  35.08 
 
 
480 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1897  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.13 
 
 
476 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000214805  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3566  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32 
 
 
463 aa  227  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0536  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.11 
 
 
448 aa  226  6e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.544643  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1052  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.46 
 
 
449 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1439  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.78 
 
 
488 aa  219  8.999999999999998e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  0.179501 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2884  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.07 
 
 
479 aa  217  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0404561 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1802  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.37 
 
 
452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.520041 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1021  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.1 
 
 
444 aa  152  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.458838 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4164  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.7 
 
 
469 aa  148  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.833076  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1460  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.45 
 
 
453 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6669  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.41 
 
 
466 aa  144  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00836718  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1969  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.54 
 
 
468 aa  143  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.786777  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1159  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.71 
 
 
466 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126981 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5422  HlyD family secretion protein  29.45 
 
 
473 aa  140  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970488  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3063  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.61 
 
 
453 aa  140  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6771  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.31 
 
 
475 aa  140  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4148  HlyD family secretion protein  26.3 
 
 
441 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1212  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.38 
 
 
453 aa  139  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2714  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.7 
 
 
451 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401669  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3811  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.45 
 
 
451 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739118 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6495  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.31 
 
 
479 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06454  hypothetical protein  27.33 
 
 
457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.56 
 
 
472 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5063  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.17 
 
 
458 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0761  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.74 
 
 
389 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00011649  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0162  HlyD family secretion protein  25.11 
 
 
481 aa  133  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1474  secretion system protein D  27.41 
 
 
378 aa  133  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0565  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25 
 
 
447 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.27 
 
 
511 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1567  hemolysin secretion protein D  26.7 
 
 
473 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.496852  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0136  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.06 
 
 
455 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0636  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.78 
 
 
674 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2016  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.58 
 
 
480 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2429  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.11 
 
 
441 aa  131  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.281145  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1500  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.48 
 
 
473 aa  130  3e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1509  secretion system protein D  26.89 
 
 
378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0383  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  23.36 
 
 
468 aa  130  6e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.172462  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3819  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.77 
 
 
514 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891918  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0206  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.53 
 
 
430 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07089  hypothetical protein  23.63 
 
 
486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1101  secretion protein, HlyD family  24.3 
 
 
463 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0567  secretion protein HlyD family  25.79 
 
 
491 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001011  ABC-type protease exporter membrane fusion protein (MFP) family component PrtE/AprE  24.05 
 
 
463 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.45 
 
 
458 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000605389 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0004  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  22.7 
 
 
442 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.197437  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1882  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.06 
 
 
430 aa  126  9e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0185  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.23 
 
 
458 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1419  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.94 
 
 
446 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2823  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  22.27 
 
 
443 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.51941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0184  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.22 
 
 
458 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.326203 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3201  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  23.67 
 
 
471 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.195077  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3075  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.78 
 
 
473 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.775261  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0511  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.18 
 
 
441 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1598  hlyD family secretion protein  25.29 
 
 
389 aa  123  7e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0549137  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2759  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.64 
 
 
421 aa  123  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246245  normal  0.864922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2301  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.35 
 
 
468 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4071  secretion protein HlyD family protein  28.11 
 
 
432 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.0000586904  normal  0.188824 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1759  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.89 
 
 
518 aa  122  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0119826 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7361  membrane-fusion protein  28.11 
 
 
432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661389  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5972  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.66 
 
 
433 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.802564  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2575  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.34 
 
 
480 aa  121  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00303774 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0547  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  23.93 
 
 
439 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2093  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.6 
 
 
468 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1057  RTX toxin transporter  23.67 
 
 
467 aa  120  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  23.09 
 
 
460 aa  120  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1976  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  23.04 
 
 
448 aa  120  7e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2692  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.78 
 
 
465 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.78 
 
 
465 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.321229  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0311  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.7 
 
 
460 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2243  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.05 
 
 
444 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2661  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25 
 
 
473 aa  118  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6075  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26 
 
 
474 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0374496  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0366  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.28 
 
 
460 aa  117  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02941  HlyD family secretion protein  25.56 
 
 
455 aa  117  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107369  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6372  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26 
 
 
474 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.17068  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4141  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.84 
 
 
460 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.504346  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2059  HlyD family secretion protein  27.39 
 
 
469 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356025  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2195  HlyD family secretion protein  27.39 
 
 
471 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0475  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  22.79 
 
 
460 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.205035  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0794  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.6 
 
 
440 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00028021  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2137  type I secretion adaptor protein (HlyD family)  25 
 
 
442 aa  115  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.83885  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3697  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.36 
 
 
481 aa  115  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.108936 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0434  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  23.56 
 
 
460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0730  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.47 
 
 
455 aa  114  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.187305  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0042  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.28 
 
 
442 aa  113  8.000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5156  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.6 
 
 
447 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.540903  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1876  HlyD family secretion protein  25.81 
 
 
475 aa  110  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.111027 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3148  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.29 
 
 
416 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0052  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.3 
 
 
395 aa  109  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3593  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  22.94 
 
 
460 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0786  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  23.45 
 
 
472 aa  107  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.378265  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0301  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.85 
 
 
471 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1904  hemolysin secretion protein-like  24.94 
 
 
441 aa  107  6e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.466134  normal  0.309514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4511  secretion protein HlyD  27.17 
 
 
449 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.713937  normal  0.0817386 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0382  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  23.04 
 
 
460 aa  106  9e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4206  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.25 
 
 
437 aa  106  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>