More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4511 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4511  secretion protein HlyD  100 
 
 
449 aa  896    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.713937  normal  0.0817386 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1159  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.11 
 
 
466 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126981 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2437  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.05 
 
 
428 aa  166  9e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1802  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.38 
 
 
452 aa  159  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.520041 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3063  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.14 
 
 
453 aa  157  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1419  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.89 
 
 
446 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3811  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.41 
 
 
451 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739118 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1212  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.06 
 
 
453 aa  154  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0511  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.36 
 
 
441 aa  153  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2429  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.72 
 
 
441 aa  152  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.281145  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0565  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.36 
 
 
447 aa  152  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0004  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.54 
 
 
442 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.197437  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1976  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.13 
 
 
448 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4148  HlyD family secretion protein  27.82 
 
 
441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0636  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.89 
 
 
674 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0991  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.66 
 
 
389 aa  146  9e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1509  secretion system protein D  30.51 
 
 
378 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5972  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.86 
 
 
433 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.802564  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1460  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.93 
 
 
453 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1474  secretion system protein D  29.56 
 
 
378 aa  145  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3320  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.17 
 
 
389 aa  142  9e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2137  type I secretion adaptor protein (HlyD family)  29.17 
 
 
442 aa  142  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.83885  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0164  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.52 
 
 
487 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.846875  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0162  HlyD family secretion protein  28.44 
 
 
481 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2301  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.75 
 
 
468 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2661  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.44 
 
 
473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0206  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.61 
 
 
430 aa  139  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0892  acriflavine resistance protein  27.34 
 
 
488 aa  139  7e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00239109  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6406  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.48 
 
 
480 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0136  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.19 
 
 
455 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1191  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.61 
 
 
424 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.795272  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1101  secretion protein, HlyD family  24.66 
 
 
463 aa  139  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07089  hypothetical protein  26.5 
 
 
486 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0383  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.16 
 
 
468 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.172462  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0311  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.38 
 
 
460 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0042  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.8 
 
 
442 aa  137  4e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0730  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.51 
 
 
455 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.187305  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  27.25 
 
 
460 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2823  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.25 
 
 
443 aa  136  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.51941 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0366  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.02 
 
 
460 aa  136  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6210  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.82 
 
 
480 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.596847  normal  0.481561 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0794  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.49 
 
 
440 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00028021  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001011  ABC-type protease exporter membrane fusion protein (MFP) family component PrtE/AprE  26.95 
 
 
463 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0983  secretion protein HlyD family protein  26.09 
 
 
439 aa  134  3e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.213399  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3819  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.55 
 
 
514 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891918  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2692  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.14 
 
 
465 aa  133  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2059  HlyD family secretion protein  27.9 
 
 
469 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356025  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2195  HlyD family secretion protein  27.9 
 
 
471 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.14 
 
 
465 aa  133  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.321229  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5063  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.03 
 
 
458 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1292  HlyD family secretion protein  28.27 
 
 
461 aa  132  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.969928  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.49 
 
 
458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000605389 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.67 
 
 
474 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4141  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.26 
 
 
460 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.504346  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1057  RTX toxin transporter  27.71 
 
 
467 aa  129  9.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2412  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.81 
 
 
399 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.449428  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2714  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.78 
 
 
451 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401669  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0185  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.01 
 
 
458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4600  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.28 
 
 
410 aa  128  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2243  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.39 
 
 
444 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2759  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.3 
 
 
421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246245  normal  0.864922 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0184  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.25 
 
 
458 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.326203 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.02 
 
 
511 aa  126  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0301  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.76 
 
 
471 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2907  type I secretion membrane fusion protein HlyD family  28.51 
 
 
396 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.891206  normal  0.048093 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2889  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.37 
 
 
396 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.69588  normal  0.0810996 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2838  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.37 
 
 
396 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3122  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.66 
 
 
399 aa  124  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.14787 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1759  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.88 
 
 
518 aa  123  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0119826 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1663  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.39 
 
 
472 aa  123  8e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.131459 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1567  hemolysin secretion protein D  28.3 
 
 
473 aa  122  9e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.496852  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0382  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.88 
 
 
460 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0528  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.7 
 
 
390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.178429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1797  HlyD family secretion protein  26.45 
 
 
441 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250049  normal  0.0164192 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4206  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.98 
 
 
437 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3201  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.19 
 
 
471 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.195077  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0787  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.63 
 
 
403 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2093  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.9 
 
 
468 aa  121  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3769  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.81 
 
 
471 aa  121  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.93 
 
 
472 aa  121  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0786  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.99 
 
 
472 aa  120  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.378265  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2016  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.54 
 
 
480 aa  121  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1500  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.9 
 
 
473 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1406  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27 
 
 
441 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.575733  normal  0.479497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1021  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.93 
 
 
444 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.458838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1876  HlyD family secretion protein  26.97 
 
 
475 aa  119  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.111027 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0458  sape  26.79 
 
 
427 aa  119  9e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00190667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0276  HlyD family secretion protein  26.34 
 
 
390 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0227266  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0547  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.07 
 
 
439 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0155  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  23.87 
 
 
505 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.353804  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0827  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.88 
 
 
394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.72853  normal  0.590012 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0761  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.87 
 
 
389 aa  117  3e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00011649  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3075  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.6 
 
 
473 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.775261  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3047  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.04 
 
 
477 aa  117  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.666099  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0934  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.02 
 
 
440 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0970473  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0970  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.47 
 
 
505 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.995954  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3148  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.38 
 
 
416 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02941  HlyD family secretion protein  26.39 
 
 
455 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107369  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1969  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  23.34 
 
 
468 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.786777  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3021  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.38 
 
 
396 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0405011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>