More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3047 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3047  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  100 
 
 
477 aa  956    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.666099  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6210  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  48.93 
 
 
480 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.596847  normal  0.481561 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6406  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  49.33 
 
 
480 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3862  secretion protein-like protein  38.41 
 
 
456 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.941945  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1897  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35 
 
 
476 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000214805  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1052  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  34.91 
 
 
449 aa  259  7e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0536  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.56 
 
 
448 aa  257  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.544643  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2884  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  34.14 
 
 
479 aa  255  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0404561 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3566  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31 
 
 
463 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1439  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.07 
 
 
488 aa  233  5e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  0.179501 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.02 
 
 
472 aa  186  9e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1969  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.71 
 
 
468 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.786777  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6669  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.54 
 
 
466 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00836718  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2575  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.6 
 
 
480 aa  166  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00303774 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06454  hypothetical protein  29.91 
 
 
457 aa  166  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2714  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.63 
 
 
451 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401669  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4164  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.54 
 
 
469 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.833076  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1500  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.02 
 
 
473 aa  162  9e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1567  hemolysin secretion protein D  29.02 
 
 
473 aa  162  1e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.496852  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2692  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.17 
 
 
465 aa  160  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.17 
 
 
465 aa  160  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.321229  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3075  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.3 
 
 
473 aa  160  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.775261  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4071  secretion protein HlyD family protein  31.6 
 
 
432 aa  160  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.0000586904  normal  0.188824 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7361  membrane-fusion protein  31.38 
 
 
432 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661389  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1445  putative membrane-fusion protein  27.09 
 
 
434 aa  158  2e-37  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00910386  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0528  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.95 
 
 
390 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.178429 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1021  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.76 
 
 
444 aa  156  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.458838 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0983  secretion protein HlyD family protein  28 
 
 
439 aa  156  7e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.213399  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5422  HlyD family secretion protein  30.8 
 
 
473 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970488  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6771  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.19 
 
 
475 aa  150  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.93 
 
 
511 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5972  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.6 
 
 
433 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.802564  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0383  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.99 
 
 
468 aa  145  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.172462  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4148  HlyD family secretion protein  24.89 
 
 
441 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2003  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.24 
 
 
456 aa  141  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.295152  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1890  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  29.24 
 
 
456 aa  141  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2368  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.46 
 
 
447 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6372  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.35 
 
 
474 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.17068  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3819  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.29 
 
 
514 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891918  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6075  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.35 
 
 
474 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0374496  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1057  RTX toxin transporter  27.35 
 
 
467 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0052  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.36 
 
 
395 aa  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0020  leukotoxin secretion protein D  25.62 
 
 
479 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2301  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.17 
 
 
468 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5063  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.02 
 
 
458 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5156  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.1 
 
 
447 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.540903  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2243  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.28 
 
 
444 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2986  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.89 
 
 
443 aa  133  7.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0730  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.46 
 
 
455 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.187305  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0276  HlyD family secretion protein  30.45 
 
 
390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0227266  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4926  HlyD family secretion protein  27.72 
 
 
472 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0184  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.17 
 
 
458 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.326203 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2437  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.44 
 
 
428 aa  131  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3811  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.91 
 
 
451 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0185  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.23 
 
 
458 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1212  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.76 
 
 
453 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.23 
 
 
458 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000605389 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2759  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.26 
 
 
421 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246245  normal  0.864922 
 
 
-
 
NC_003296  RS03671  hemolysin secretion-like transmembrane protein  26.17 
 
 
447 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6495  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.17 
 
 
479 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0136  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.25 
 
 
455 aa  128  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3697  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.07 
 
 
481 aa  128  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.108936 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0991  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.03 
 
 
389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0511  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.56 
 
 
441 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5004  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.1 
 
 
447 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.278791  normal  0.604975 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2195  HlyD family secretion protein  25.62 
 
 
471 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2059  HlyD family secretion protein  25.62 
 
 
469 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356025  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3320  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.03 
 
 
389 aa  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1802  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.46 
 
 
452 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.520041 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3063  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  23.67 
 
 
453 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1509  secretion system protein D  26.54 
 
 
378 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0206  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.71 
 
 
430 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.46 
 
 
427 aa  123  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0862799 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0883  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.8 
 
 
491 aa  123  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1474  secretion system protein D  27.01 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0434  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  25.11 
 
 
460 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0842  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.27 
 
 
394 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2429  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.06 
 
 
441 aa  120  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.281145  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4456  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27 
 
 
438 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715639  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4383  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.02 
 
 
394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.915143  normal  0.374406 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  24.67 
 
 
460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0585  membrane spanning export protein  27.57 
 
 
391 aa  120  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.836061  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0617  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.73 
 
 
432 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.290614  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1460  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  23.46 
 
 
453 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4511  secretion protein HlyD  26.89 
 
 
449 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.713937  normal  0.0817386 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0584  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.5 
 
 
455 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.767498  normal  0.0809109 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0547  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27 
 
 
439 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0056  putative type I secretion protein, HlyD family  23.68 
 
 
442 aa  117  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1759  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.78 
 
 
518 aa  116  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0119826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0366  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.22 
 
 
460 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0803  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.77 
 
 
394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0827  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.77 
 
 
394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.72853  normal  0.590012 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3148  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.42 
 
 
416 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0963  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.07 
 
 
447 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0382  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  23.56 
 
 
460 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3644  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  23.56 
 
 
460 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4206  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.36 
 
 
437 aa  114  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1882  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.51 
 
 
430 aa  114  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0892  acriflavine resistance protein  23.23 
 
 
488 aa  113  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00239109  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4337  putative toxin/protease secretion system  25.55 
 
 
661 aa  113  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165043  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>