More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4148 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4148  HlyD family secretion protein  100 
 
 
441 aa  896    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0511  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  77.78 
 
 
441 aa  712    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2429  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  65.08 
 
 
441 aa  597  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.281145  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1802  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.52 
 
 
452 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.520041 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0730  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.69 
 
 
455 aa  200  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.187305  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3063  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.41 
 
 
453 aa  197  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1003  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.98 
 
 
439 aa  197  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1212  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.43 
 
 
453 aa  195  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2093  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.93 
 
 
468 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1460  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.42 
 
 
453 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0136  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.52 
 
 
455 aa  190  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1474  secretion system protein D  30.33 
 
 
378 aa  189  5.999999999999999e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3811  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.81 
 
 
451 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739118 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1976  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.86 
 
 
448 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3201  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.7 
 
 
471 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.195077  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1419  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.33 
 
 
446 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0206  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.22 
 
 
430 aa  186  9e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0162  HlyD family secretion protein  29.2 
 
 
481 aa  184  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1509  secretion system protein D  29.86 
 
 
378 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0761  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.88 
 
 
389 aa  182  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00011649  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0004  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.13 
 
 
442 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.197437  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4600  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.19 
 
 
410 aa  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001011  ABC-type protease exporter membrane fusion protein (MFP) family component PrtE/AprE  29.72 
 
 
463 aa  180  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1876  HlyD family secretion protein  31.71 
 
 
475 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.111027 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2823  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.03 
 
 
443 aa  179  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.51941 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2889  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.2 
 
 
396 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.69588  normal  0.0810996 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2838  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.2 
 
 
396 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3021  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.45 
 
 
396 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0405011 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2907  type I secretion membrane fusion protein HlyD family  30.2 
 
 
396 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.891206  normal  0.048093 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.45 
 
 
474 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2908  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.2 
 
 
396 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0565  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.34 
 
 
447 aa  177  5e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5063  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.79 
 
 
458 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0164  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.97 
 
 
487 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.846875  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3122  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.12 
 
 
399 aa  173  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.14787 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2059  HlyD family secretion protein  29.37 
 
 
469 aa  173  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356025  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.62 
 
 
458 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000605389 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1598  hlyD family secretion protein  29.38 
 
 
389 aa  173  5.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0549137  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02941  HlyD family secretion protein  29.21 
 
 
455 aa  172  7.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107369  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2243  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.09 
 
 
444 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2195  HlyD family secretion protein  29.14 
 
 
471 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2137  type I secretion adaptor protein (HlyD family)  26.72 
 
 
442 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.83885  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0892  acriflavine resistance protein  28.74 
 
 
488 aa  170  4e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00239109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  28.95 
 
 
460 aa  170  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0786  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.61 
 
 
472 aa  170  5e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.378265  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1663  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.08 
 
 
472 aa  170  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.131459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0842  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.04 
 
 
394 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07089  hypothetical protein  27.78 
 
 
486 aa  170  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1101  secretion protein, HlyD family  28.24 
 
 
463 aa  170  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0184  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.17 
 
 
458 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.326203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0185  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.17 
 
 
458 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1292  HlyD family secretion protein  30.66 
 
 
461 aa  169  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.969928  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0547  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.81 
 
 
439 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2016  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.26 
 
 
480 aa  168  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0827  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.79 
 
 
394 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.72853  normal  0.590012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4383  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.53 
 
 
394 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.915143  normal  0.374406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0803  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.79 
 
 
394 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0042  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.97 
 
 
442 aa  167  4e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0794  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.69 
 
 
440 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00028021  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.05 
 
 
427 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0862799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0301  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.94 
 
 
471 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1159  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.88 
 
 
466 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126981 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3769  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.23 
 
 
471 aa  164  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0052  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.7 
 
 
395 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6075  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.6 
 
 
474 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0374496  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6372  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.6 
 
 
474 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.17068  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2412  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.77 
 
 
399 aa  161  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.449428  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2661  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.75 
 
 
473 aa  160  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0383  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  22.49 
 
 
468 aa  160  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.172462  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0528  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.16 
 
 
390 aa  159  9e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.178429 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4141  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.99 
 
 
460 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.504346  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2301  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.9 
 
 
468 aa  158  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1969  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.56 
 
 
468 aa  157  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.786777  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0382  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.99 
 
 
460 aa  156  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2276  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.45 
 
 
389 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0991  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.75 
 
 
389 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0276  HlyD family secretion protein  27.52 
 
 
390 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0227266  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3320  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.23 
 
 
389 aa  155  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0311  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.58 
 
 
460 aa  155  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3409  putative secretion protein  25.74 
 
 
395 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202661  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0585  membrane spanning export protein  28.54 
 
 
391 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.836061  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0382  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.71 
 
 
460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3644  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.71 
 
 
460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2759  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.17 
 
 
421 aa  154  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246245  normal  0.864922 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0636  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.27 
 
 
674 aa  154  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1759  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.09 
 
 
518 aa  153  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0119826 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0380  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.27 
 
 
460 aa  153  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40230  putative secretion protein  26.23 
 
 
395 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.975175  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0366  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.5 
 
 
460 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1882  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.04 
 
 
430 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4319  HlyD family secretion protein  27.27 
 
 
484 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0434  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  26.49 
 
 
460 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4456  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.82 
 
 
438 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715639  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2575  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.25 
 
 
480 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00303774 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1191  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26 
 
 
424 aa  150  5e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.795272  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4324  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.76 
 
 
403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.415601  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2843  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  28.93 
 
 
404 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5156  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.04 
 
 
447 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.540903  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2437  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.65 
 
 
428 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0475  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.22 
 
 
460 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.205035  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>