More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0311 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4319  HlyD family secretion protein  81.74 
 
 		 484 aa  754    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4141  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  86.09 
 
 		 460 aa  819    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.504346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0475  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  84.35 
 
 		 460 aa  780    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.205035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4100  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  80 
 
 		 460 aa  746    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  80 
 
 		 460 aa  771    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3593  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  81.3 
 
 		 460 aa  755    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0311  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  100 
 
 		 460 aa  931    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4006  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  80 
 
 		 460 aa  746    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0382  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  78.26 
 
 		 460 aa  730    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3984  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  80 
 
 		 460 aa  746    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3907  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  80 
 
 		 460 aa  746    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0382  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  82.17 
 
 		 460 aa  760    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3644  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  82.17 
 
 		 460 aa  760    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0434  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  77.83 
 
 		 460 aa  725    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0366  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  84.57 
 
 		 460 aa  804    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0380  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  81.74 
 
 		 460 aa  754    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0162  HlyD family secretion protein  52.95 
 
 		 481 aa  496  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001011  ABC-type protease exporter membrane fusion protein (MFP) family component PrtE/AprE  50.87 
 
 		 463 aa  464  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07089  hypothetical protein  50.22 
 
 		 486 aa  458  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1101  secretion protein, HlyD family  48.91 
 
 		 463 aa  457  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1802  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  45.7 
 
 		 452 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.520041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3811  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  43.95 
 
 		 451 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1460  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  44.84 
 
 		 453 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1212  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  41.28 
 
 		 453 aa  361  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3063  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  41.28 
 
 		 453 aa  355  8.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2823  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  42.79 
 
 		 443 aa  353  2e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.51941 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0794  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  41.68 
 
 		 440 aa  352  7e-96  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00028021  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0547  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  43.55 
 
 		 439 aa  350  2e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1292  HlyD family secretion protein  41.36 
 
 		 461 aa  345  1e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.969928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3201  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  41.45 
 
 		 471 aa  343  4e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.195077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6372  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  43.35 
 
 		 474 aa  342  7e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.17068  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5063  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  40.94 
 
 		 458 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6075  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  43.12 
 
 		 474 aa  341  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0374496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5972  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  41.71 
 
 		 433 aa  339  5.9999999999999996e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.802564  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0892  acriflavine resistance protein  38.7 
 
 		 488 aa  337  3.9999999999999995e-91  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00239109  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0206  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  40.64 
 
 		 430 aa  335  7.999999999999999e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1419  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  41.85 
 
 		 446 aa  334  2e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0136  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  41.16 
 
 		 455 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2093  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.22 
 
 		 468 aa  330  3e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1976  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.83 
 
 		 448 aa  330  3e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0004  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  39.57 
 
 		 442 aa  326  6e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.197437  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0164  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  36.96 
 
 		 487 aa  326  6e-88  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.846875  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1509  secretion system protein D  41.74 
 
 		 378 aa  322  9.999999999999999e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2243  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  39.08 
 
 		 444 aa  319  7e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0184  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  40.94 
 
 		 458 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.326203 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1474  secretion system protein D  40.82 
 
 		 378 aa  317  3e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0301  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  41.77 
 
 		 471 aa  316  5e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1159  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  38.9 
 
 		 466 aa  315  8e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126981 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0185  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.74 
 
 		 458 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  40.49 
 
 		 458 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000605389 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  37.87 
 
 		 474 aa  310  5e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1876  HlyD family secretion protein  41.73 
 
 		 475 aa  308  9e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.111027 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2661  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  38.07 
 
 		 473 aa  308  9e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1882  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  38.62 
 
 		 430 aa  307  3e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1663  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  39.47 
 
 		 472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.131459 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0786  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  39.91 
 
 		 472 aa  303  6.000000000000001e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.378265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0565  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  40.23 
 
 		 447 aa  301  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3769  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  38.9 
 
 		 471 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2016  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  38.14 
 
 		 480 aa  300  5e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4206  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  39.16 
 
 		 437 aa  290  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02941  HlyD family secretion protein  36.47 
 
 		 455 aa  284  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107369  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3320  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  39.95 
 
 		 389 aa  281  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0991  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  39.26 
 
 		 389 aa  279  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0052  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  38.17 
 
 		 395 aa  277  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40230  putative secretion protein  36.36 
 
 		 395 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.975175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3409  putative secretion protein  35.9 
 
 		 395 aa  269  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202661  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2759  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  37.21 
 
 		 421 aa  264  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246245  normal  0.864922 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0636  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  34.11 
 
 		 674 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3148  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  34.12 
 
 		 416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3122  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.51 
 
 		 399 aa  253  4.0000000000000004e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.14787 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0585  membrane spanning export protein  36.03 
 
 		 391 aa  250  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.836061  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3021  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  36.6 
 
 		 396 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0405011 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2908  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  36.36 
 
 		 396 aa  247  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2889  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  36.13 
 
 		 396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.69588  normal  0.0810996 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0383  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.09 
 
 		 468 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.172462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2907  type I secretion membrane fusion protein HlyD family  36.13 
 
 		 396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.891206  normal  0.048093 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2838  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  36.13 
 
 		 396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4600  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  35.42 
 
 		 410 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1003  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.87 
 
 		 439 aa  241  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2195  HlyD family secretion protein  35.67 
 
 		 471 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0842  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  37.77 
 
 		 394 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4383  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  38.26 
 
 		 394 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.915143  normal  0.374406 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2059  HlyD family secretion protein  35.67 
 
 		 469 aa  240  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356025  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2301  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.36 
 
 		 468 aa  238  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2412  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  34.78 
 
 		 399 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.449428  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0827  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  37.53 
 
 		 394 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.72853  normal  0.590012 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0803  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  37.53 
 
 		 394 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  36.2 
 
 		 427 aa  234  3e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862799 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1759  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.43 
 
 		 518 aa  224  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0119826 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2437  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.55 
 
 		 428 aa  217  4e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2502  secretion protein  33.49 
 
 		 439 aa  212  9e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.867679 
 
 
-
 
NC_003296  RS05073  putative hemolysin-type secretion transmembrane protein  34.59 
 
 		 358 aa  207  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1191  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.03 
 
 		 424 aa  204  2e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.795272  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3712  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.25 
 
 		 390 aa  204  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.01612  normal  0.250186 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0276  HlyD family secretion protein  31.76 
 
 		 390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0227266  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4324  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.21 
 
 		 403 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.415601  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4164  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.68 
 
 		 469 aa  193  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.833076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0528  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.54 
 
 		 390 aa  189  9e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.178429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0787  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.34 
 
 		 403 aa  188  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2986  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.15 
 
 		 443 aa  184  4.0000000000000006e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>