More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1957 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_3819  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  85.02 
 
 
514 aa  856    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891918  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  100 
 
 
511 aa  1015    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3697  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.85 
 
 
481 aa  358  9.999999999999999e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.108936 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6495  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.31 
 
 
479 aa  345  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0883  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.77 
 
 
491 aa  338  9.999999999999999e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0567  secretion protein HlyD family  35.88 
 
 
491 aa  281  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2575  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.34 
 
 
480 aa  263  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00303774 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3075  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  35.55 
 
 
473 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.775261  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1969  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.33 
 
 
468 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.786777  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5422  HlyD family secretion protein  36.79 
 
 
473 aa  253  8.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970488  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06454  hypothetical protein  34.48 
 
 
457 aa  248  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4164  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.45 
 
 
469 aa  246  8e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.833076  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2368  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  37.34 
 
 
447 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1057  RTX toxin transporter  33.33 
 
 
467 aa  239  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1890  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  34.65 
 
 
456 aa  233  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2003  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  34.65 
 
 
456 aa  233  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.295152  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1567  hemolysin secretion protein D  35.88 
 
 
473 aa  231  2e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.496852  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1500  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.67 
 
 
473 aa  231  3e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5156  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  37.12 
 
 
447 aa  231  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.540903  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6669  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.19 
 
 
466 aa  227  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00836718  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5004  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  36.58 
 
 
447 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.278791  normal  0.604975 
 
 
-
 
NC_003296  RS03671  hemolysin secretion-like transmembrane protein  36.38 
 
 
447 aa  220  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1021  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  34.19 
 
 
444 aa  213  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.458838 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6771  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  34.44 
 
 
475 aa  208  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0020  leukotoxin secretion protein D  32.03 
 
 
479 aa  205  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2692  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.26 
 
 
465 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.26 
 
 
465 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.321229  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4926  HlyD family secretion protein  32.4 
 
 
472 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.67 
 
 
472 aa  184  5.0000000000000004e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0983  secretion protein HlyD family protein  28.17 
 
 
439 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.213399  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2714  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.79 
 
 
451 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401669  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2016  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.27 
 
 
480 aa  158  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0162  HlyD family secretion protein  26.81 
 
 
481 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1445  putative membrane-fusion protein  23.85 
 
 
434 aa  154  4e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00910386  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0004  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.29 
 
 
442 aa  154  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.197437  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  26.38 
 
 
460 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1292  HlyD family secretion protein  29.59 
 
 
461 aa  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.969928  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0383  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.35 
 
 
468 aa  152  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.172462  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0547  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.75 
 
 
439 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1802  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.23 
 
 
452 aa  152  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.520041 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0366  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.26 
 
 
460 aa  151  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6406  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.88 
 
 
480 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6210  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.23 
 
 
480 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.596847  normal  0.481561 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001011  ABC-type protease exporter membrane fusion protein (MFP) family component PrtE/AprE  25.64 
 
 
463 aa  150  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1101  secretion protein, HlyD family  23.72 
 
 
463 aa  149  9e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1976  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.5 
 
 
448 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1419  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.45 
 
 
446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1515  HlyD family secretion protein  35.51 
 
 
227 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.619726 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2661  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.31 
 
 
473 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4141  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.22 
 
 
460 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.504346  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3063  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.93 
 
 
453 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2301  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.26 
 
 
468 aa  148  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0311  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25 
 
 
460 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3047  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.93 
 
 
477 aa  148  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.666099  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0565  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.67 
 
 
447 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2823  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.61 
 
 
443 aa  147  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.51941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3593  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.23 
 
 
460 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1212  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.1 
 
 
453 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07089  hypothetical protein  25 
 
 
486 aa  146  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02941  HlyD family secretion protein  26.46 
 
 
455 aa  145  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107369  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1474  secretion system protein D  26.53 
 
 
378 aa  145  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1439  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.04 
 
 
488 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  0.179501 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4319  HlyD family secretion protein  26.48 
 
 
484 aa  144  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0475  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25 
 
 
460 aa  144  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.205035  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0380  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.38 
 
 
460 aa  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0382  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  23.75 
 
 
460 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3811  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.64 
 
 
451 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739118 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1159  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.35 
 
 
466 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126981 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1003  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.91 
 
 
439 aa  141  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4006  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.63 
 
 
460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3907  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.63 
 
 
460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3984  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.63 
 
 
460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4100  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.63 
 
 
460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0382  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.53 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3644  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.53 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0206  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.84 
 
 
430 aa  140  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2759  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.06 
 
 
421 aa  139  7.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246245  normal  0.864922 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1882  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.38 
 
 
430 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0434  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  24.31 
 
 
460 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0794  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.61 
 
 
440 aa  138  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00028021  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2986  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.87 
 
 
443 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0585  membrane spanning export protein  28.31 
 
 
391 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.836061  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3020  HlyD family secretion protein  37.81 
 
 
179 aa  137  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.133267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2243  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.31 
 
 
444 aa  136  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0761  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.93 
 
 
389 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00011649  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2078  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.48 
 
 
458 aa  136  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.732091 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0636  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.75 
 
 
674 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0136  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.06 
 
 
455 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3566  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.39 
 
 
463 aa  134  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0184  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.65 
 
 
458 aa  133  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.326203 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6372  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.12 
 
 
474 aa  133  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.17068  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.96 
 
 
458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000605389 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0185  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.05 
 
 
458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2502  secretion protein  28.18 
 
 
439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.867679 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6075  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.93 
 
 
474 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0374496  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0276  HlyD family secretion protein  26.83 
 
 
390 aa  131  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0227266  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0786  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.11 
 
 
472 aa  131  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.378265  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1663  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.62 
 
 
472 aa  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.131459 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1460  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.62 
 
 
453 aa  130  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4148  HlyD family secretion protein  26.39 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>