More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1052 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0536  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  91.31 
 
 
448 aa  843    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.544643  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1052  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  100 
 
 
449 aa  924    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3047  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  34.91 
 
 
477 aa  259  7e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.666099  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6210  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  36.02 
 
 
480 aa  249  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.596847  normal  0.481561 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6406  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  35.94 
 
 
480 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1897  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.48 
 
 
476 aa  233  6e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000214805  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3566  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.72 
 
 
463 aa  219  7e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2884  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.97 
 
 
479 aa  216  5.9999999999999996e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0404561 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3862  secretion protein-like protein  32.46 
 
 
456 aa  214  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.941945  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1439  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.82 
 
 
488 aa  194  4e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  0.179501 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.29 
 
 
472 aa  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6669  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.93 
 
 
466 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00836718  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0276  HlyD family secretion protein  26.71 
 
 
390 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0227266  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0206  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.73 
 
 
430 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2301  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.88 
 
 
468 aa  134  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1969  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.48 
 
 
468 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.786777  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0511  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.75 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1212  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.29 
 
 
453 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1802  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25 
 
 
452 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.520041 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7361  membrane-fusion protein  30.91 
 
 
432 aa  128  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661389  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5063  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.59 
 
 
458 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3075  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.74 
 
 
473 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.775261  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2714  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.19 
 
 
451 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401669  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.51 
 
 
458 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000605389 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.15 
 
 
474 aa  127  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0185  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.51 
 
 
458 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3063  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.89 
 
 
453 aa  126  9e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4071  secretion protein HlyD family protein  30.91 
 
 
432 aa  126  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.0000586904  normal  0.188824 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0184  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.74 
 
 
458 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.326203 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3819  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.03 
 
 
514 aa  123  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891918  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0136  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.94 
 
 
455 aa  123  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2661  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.36 
 
 
473 aa  123  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06454  hypothetical protein  25.75 
 
 
457 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0164  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  22.54 
 
 
487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.846875  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1663  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.6 
 
 
472 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.131459 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4141  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.4 
 
 
460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.504346  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1759  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.1 
 
 
518 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0119826 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1021  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.36 
 
 
444 aa  121  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.458838 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0585  membrane spanning export protein  26.71 
 
 
391 aa  121  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.836061  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4148  HlyD family secretion protein  26.57 
 
 
441 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0794  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.72 
 
 
440 aa  120  6e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00028021  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  25.83 
 
 
460 aa  120  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1460  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.56 
 
 
453 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0366  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.07 
 
 
460 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40230  putative secretion protein  25.98 
 
 
395 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.975175  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3409  putative secretion protein  25.82 
 
 
395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202661  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0842  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.75 
 
 
394 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0162  HlyD family secretion protein  26.77 
 
 
481 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1882  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.64 
 
 
430 aa  117  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0892  acriflavine resistance protein  23.22 
 
 
488 aa  116  6e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00239109  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2429  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.33 
 
 
441 aa  116  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.281145  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02941  HlyD family secretion protein  24.48 
 
 
455 aa  116  7.999999999999999e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107369  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0004  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.53 
 
 
442 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.197437  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0991  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.72 
 
 
389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3811  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.53 
 
 
451 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739118 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2437  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.88 
 
 
428 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3122  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.83 
 
 
399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.14787 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0301  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.79 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0547  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.12 
 
 
439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0827  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.5 
 
 
394 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.72853  normal  0.590012 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0311  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.56 
 
 
460 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0803  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.5 
 
 
394 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2759  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.59 
 
 
421 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246245  normal  0.864922 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1003  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.27 
 
 
439 aa  114  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4383  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.14 
 
 
394 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.915143  normal  0.374406 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3320  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.46 
 
 
389 aa  113  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4164  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.62 
 
 
469 aa  113  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.833076  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2908  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.38 
 
 
396 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2412  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.88 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.449428  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2907  type I secretion membrane fusion protein HlyD family  25.92 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.891206  normal  0.048093 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2889  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.89 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.69588  normal  0.0810996 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2838  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.89 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3021  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.38 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0405011 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.85 
 
 
511 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1474  secretion system protein D  25 
 
 
378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1890  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  25.32 
 
 
456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2003  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.32 
 
 
456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.295152  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1567  hemolysin secretion protein D  24 
 
 
473 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.496852  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1500  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  23.56 
 
 
473 aa  111  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2137  type I secretion adaptor protein (HlyD family)  25.18 
 
 
442 aa  110  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.83885  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0383  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  23.98 
 
 
468 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.172462  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1509  secretion system protein D  24.88 
 
 
378 aa  110  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2692  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  23.1 
 
 
465 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  23.1 
 
 
465 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.321229  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2093  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.27 
 
 
468 aa  110  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1159  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.17 
 
 
466 aa  110  6e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126981 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2575  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.94 
 
 
480 aa  110  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00303774 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4324  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.58 
 
 
403 aa  110  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.415601  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3593  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.89 
 
 
460 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3201  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  24.1 
 
 
471 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.195077  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3769  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25 
 
 
471 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2843  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  24.25 
 
 
404 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0787  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.7 
 
 
403 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0475  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.24 
 
 
460 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.205035  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001011  ABC-type protease exporter membrane fusion protein (MFP) family component PrtE/AprE  24.33 
 
 
463 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1101  secretion protein, HlyD family  24.89 
 
 
463 aa  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6372  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.05 
 
 
474 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.17068  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07089  hypothetical protein  25 
 
 
486 aa  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1419  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.39 
 
 
446 aa  107  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2823  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.74 
 
 
443 aa  107  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.51941 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>