More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1504 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
387 aa  782    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  86.27 
 
 
388 aa  662    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  67.5 
 
 
388 aa  508  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  64.44 
 
 
384 aa  487  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  63.23 
 
 
381 aa  474  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  57.38 
 
 
378 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  53.91 
 
 
384 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  45.6 
 
 
379 aa  338  8e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  46.01 
 
 
379 aa  329  4e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  44.69 
 
 
377 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  45.78 
 
 
383 aa  326  5e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  44.97 
 
 
377 aa  326  5e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  45.45 
 
 
382 aa  319  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  44.72 
 
 
382 aa  316  4e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  45.33 
 
 
383 aa  315  6e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  44.05 
 
 
385 aa  315  9.999999999999999e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  44.01 
 
 
388 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  45.48 
 
 
382 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 
379 aa  312  7.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  43.26 
 
 
386 aa  311  9e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  44.59 
 
 
385 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  45.6 
 
 
385 aa  310  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  44.2 
 
 
381 aa  311  2e-83  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  40.36 
 
 
385 aa  309  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.5 
 
 
382 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.59 
 
 
385 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  44.18 
 
 
385 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  43.57 
 
 
386 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.45 
 
 
388 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  44.33 
 
 
385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  44.33 
 
 
385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  44.33 
 
 
385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  45.18 
 
 
382 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.36 
 
 
385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  44.93 
 
 
385 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  43.3 
 
 
377 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  45.18 
 
 
382 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.31 
 
 
386 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
385 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
385 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
473 aa  299  4e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
473 aa  299  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
473 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
473 aa  299  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
473 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  42.37 
 
 
379 aa  299  6e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
382 aa  298  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  40.89 
 
 
385 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  40.58 
 
 
377 aa  295  9e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  44.11 
 
 
385 aa  295  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  41.4 
 
 
385 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 
381 aa  292  6e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  38.87 
 
 
379 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  42.6 
 
 
411 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.86 
 
 
382 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.41 
 
 
410 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  43.08 
 
 
397 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  42.33 
 
 
389 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  40.68 
 
 
390 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  40.22 
 
 
377 aa  280  4e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  38.3 
 
 
380 aa  277  3e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  40.12 
 
 
381 aa  276  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.22 
 
 
389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.22 
 
 
389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  39.23 
 
 
382 aa  265  8.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  41.05 
 
 
397 aa  264  2e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.67 
 
 
395 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.57 
 
 
389 aa  261  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  36.48 
 
 
383 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  36.22 
 
 
383 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  40.61 
 
 
387 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  40.61 
 
 
387 aa  256  7e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.55 
 
 
389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  39.28 
 
 
389 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 
397 aa  249  6e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  39.3 
 
 
385 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  35.01 
 
 
381 aa  229  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.02 
 
 
385 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  39.55 
 
 
385 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.02 
 
 
385 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.45 
 
 
381 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39 
 
 
391 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39 
 
 
394 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39 
 
 
394 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  37.4 
 
 
381 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 
385 aa  179  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
393 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 
392 aa  160  3e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
394 aa  160  5e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
399 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
393 aa  157  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
381 aa  149  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 
379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.34 
 
 
378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
396 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
379 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
380 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
394 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
382 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>