More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1732 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 439 aa  837    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal  0.756916 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  46.7 
 
 		 415 aa  320  3e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  42.01 
 
 		 418 aa  256  6e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2937  secretion protein HlyD  35.96 
 
 		 418 aa  248  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  36.52 
 
 		 413 aa  229  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  39.29 
 
 		 412 aa  215  9.999999999999999e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0242  secretion protein HlyD  29.58 
 
 		 414 aa  179  7e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000372515  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  30.39 
 
 		 487 aa  99.4  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  26.9 
 
 		 442 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.68 
 
 		 410 aa  72  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3899  secretion protein HlyD  28.64 
 
 		 485 aa  71.6  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.553223 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  31.02 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  26.52 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  25.1 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 450 aa  67  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 462 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 462 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  22.12 
 
 		 439 aa  66.2  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  26.32 
 
 		 457 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 		 448 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  26.37 
 
 		 396 aa  65.1  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  25.71 
 
 		 449 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 416 aa  65.1  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.36 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 454 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  28.17 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  23.63 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 457 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  27.73 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1757  secretion protein HlyD  26.24 
 
 		 448 aa  64.3  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  24.64 
 
 		 394 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  24.32 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  25.54 
 
 		 523 aa  63.9  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0859  secretion protein HlyD  30.46 
 
 		 402 aa  63.2  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.556695  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5897  multidrug resistance protein  24.64 
 
 		 400 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  26.35 
 
 		 576 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  22.33 
 
 		 444 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  24.72 
 
 		 443 aa  62  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  24.38 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 404 aa  61.6  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1575  RND membrane fusion protein AcrA  25.56 
 
 		 448 aa  61.6  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.853878 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.58 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  27.82 
 
 		 441 aa  60.1  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3484  secretion protein HlyD  26.12 
 
 		 354 aa  60.1  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.956784  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2560  multidrug resistance protein  23.83 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.634691  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.37 
 
 		 379 aa  60.1  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  23.48 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  23.48 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  23.48 
 
 		 415 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 409 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  23.48 
 
 		 415 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  26.35 
 
 		 445 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  24.59 
 
 		 410 aa  59.7  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  23.48 
 
 		 415 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  25.41 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  23.65 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  26.35 
 
 		 445 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  23.5 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.48 
 
 		 415 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  23.48 
 
 		 415 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  24.05 
 
 		 469 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  23.48 
 
 		 415 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  23.48 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5589  HlyD family multidrug resistance protein protein  27.67 
 
 		 346 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  26.35 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.62 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.583395 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  23.12 
 
 		 498 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 363 aa  57.8  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 460 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  23.53 
 
 		 444 aa  57.4  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0861  secretion protein HlyD  28.71 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0209949  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  22.9 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  22.54 
 
 		 443 aa  57.4  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1919  multidrug resistance protein  23.15 
 
 		 411 aa  57  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.666477  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1767  multidrug resistance protein  23.15 
 
 		 411 aa  57  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  27.41 
 
 		 368 aa  57  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  23.53 
 
 		 427 aa  57  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1744  multidrug resistance protein  23.15 
 
 		 411 aa  57  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  24.91 
 
 		 463 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  28.16 
 
 		 413 aa  57  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  27.17 
 
 		 354 aa  57  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 387 aa  57  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0312  secretion protein HlyD family protein  25.59 
 
 		 400 aa  57  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17056  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  24.91 
 
 		 457 aa  57  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  23.53 
 
 		 444 aa  56.6  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.92 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.51 
 
 		 381 aa  56.6  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  36.47 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3839  secretion protein HlyD  23.75 
 
 		 439 aa  56.2  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  27.41 
 
 		 368 aa  56.2  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 432 aa  56.2  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0171  putative multidrug resistance protein  23.15 
 
 		 411 aa  56.2  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152509  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  27.11 
 
 		 349 aa  55.8  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  22.81 
 
 		 393 aa  56.2  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  21.76 
 
 		 379 aa  55.8  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>