124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0233 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  100 
 
 		 246 aa  509  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0354  hypothetical protein  26.03 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0313675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3866  TetR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.599707  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4183  TetR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0298  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.985491  normal  0.0279616 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0277  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084176 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1415  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3998  hypothetical protein  24.67 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.13761 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3627  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 261 aa  62  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2533  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0326  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 198 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  30.26 
 
 		 258 aa  54.3  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 195 aa  54.3  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 195 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4421  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 195 aa  52.8  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 195 aa  52.8  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 195 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 195 aa  52.8  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 195 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 195 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 195 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 195 aa  52.8  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4177  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 254 aa  52.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.526119 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 195 aa  52.4  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 194 aa  52  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 195 aa  50.1  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1479  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 190 aa  50.1  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2672  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2986  regulatory protein, TetR  32.63 
 
 		 241 aa  48.1  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 218 aa  47.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 207 aa  46.6  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 208 aa  47  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 242 aa  46.6  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 291 aa  46.6  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 218 aa  46.6  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11281  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 202 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.786647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 207 aa  46.6  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 203 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 197 aa  46.6  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 185 aa  46.2  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 188 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 216 aa  46.2  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 194 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 188 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 236 aa  45.8  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 214 aa  45.8  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 218 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 215 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 210 aa  45.4  0.0009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3779  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 192 aa  45.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 219 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  38.46 
 
 		 234 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  24.68 
 
 		 207 aa  45.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2228  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 206 aa  45.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4599  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 220 aa  45.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2546  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.275318  decreased coverage  0.00000294801 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 195 aa  43.9  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  44.3  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 196 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1892  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 192 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000800916  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3024  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  44.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0995  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 192 aa  43.9  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 223 aa  44.3  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 212 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1426  transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.620095 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  22.93 
 
 		 199 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4515  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 217 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  30.34 
 
 		 192 aa  43.9  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1362  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 211 aa  43.9  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 210 aa  43.9  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38380  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0126427 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 212 aa  43.5  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  29.17 
 
 		 221 aa  43.9  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  40 
 
 		 191 aa  43.5  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 201 aa  43.5  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4331  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 220 aa  43.5  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2324  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 240 aa  43.9  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0566  transcription regulator protein  28.97 
 
 		 207 aa  43.5  0.003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000000411686  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 215 aa  43.9  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4025  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0356  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 235 aa  43.5  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00145185  hitchhiker  0.0000223354 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 229 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 251 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 238 aa  43.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  30 
 
 		 195 aa  43.1  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0371  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 227 aa  43.1  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 192 aa  43.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3997  hypothetical protein  23.9 
 
 		 250 aa  43.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.435374 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 202 aa  43.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 189 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>