More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2661 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2661  diguanylate cyclase  100 
 
 		 644 aa  1275    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.646845  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.47 
 
 		 1240 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 660 aa  196  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.01 
 
 		 612 aa  162  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 569 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  46.6 
 
 		 1636 aa  149  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  47.28 
 
 		 339 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.82 
 
 		 337 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 340 aa  147  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0279  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 554 aa  146  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171809  normal  0.0530924 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  34.43 
 
 		 480 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 534 aa  144  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  48.13 
 
 		 536 aa  144  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 340 aa  143  8e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 591 aa  143  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.04 
 
 		 352 aa  143  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 559 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 516 aa  143  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  47.31 
 
 		 1726 aa  143  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 340 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 308 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  48.96 
 
 		 511 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  43.35 
 
 		 317 aa  140  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.65 
 
 		 734 aa  139  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  41.43 
 
 		 512 aa  140  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.72 
 
 		 1262 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 300 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 344 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  37.55 
 
 		 344 aa  137  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 340 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 503 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 578 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 583 aa  136  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 578 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 338 aa  135  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 522 aa  135  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  38.74 
 
 		 1054 aa  134  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  43.46 
 
 		 1643 aa  134  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 410 aa  134  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 346 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 481 aa  133  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 353 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 416 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 481 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 538 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 460 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 343 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.62 
 
 		 483 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 466 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 533 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  26.59 
 
 		 548 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  41.46 
 
 		 528 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 306 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 578 aa  130  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  37.94 
 
 		 591 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.46 
 
 		 1637 aa  130  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 522 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 579 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 338 aa  129  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 		 622 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 638 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 584 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.36 
 
 		 628 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 341 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  47.09 
 
 		 497 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  39.27 
 
 		 625 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 327 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 526 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 518 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 579 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 303 aa  128  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  41.18 
 
 		 555 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 462 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 556 aa  128  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 610 aa  127  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 660 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 313 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 510 aa  127  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.2 
 
 		 341 aa  127  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 660 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 547 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 536 aa  127  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 579 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  42.78 
 
 		 312 aa  127  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 510 aa  126  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 510 aa  126  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 608 aa  127  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 510 aa  126  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 578 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 362 aa  126  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 631 aa  126  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 628 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 621 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 315 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 628 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 316 aa  126  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 510 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 902 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>