More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0589 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
305 aa  622  1e-177  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  77.38 
 
 
325 aa  495  1e-139  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  52.36 
 
 
315 aa  333  2e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.77 
 
 
297 aa  325  8.000000000000001e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  48.81 
 
 
301 aa  308  5e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2068  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.37 
 
 
300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2152  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.37 
 
 
300 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.62 
 
 
312 aa  295  8e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48 
 
 
324 aa  294  1e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1960  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.44 
 
 
318 aa  294  1e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.9 
 
 
297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.21 
 
 
297 aa  275  6e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.62 
 
 
310 aa  236  3e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.809417  hitchhiker  0.000987173 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3480  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00742863  normal  0.98733 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.25 
 
 
425 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.32 
 
 
646 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  33.56 
 
 
690 aa  163  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  33.67 
 
 
420 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
476 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  33.45 
 
 
418 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.01 
 
 
469 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  34.06 
 
 
634 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.1 
 
 
424 aa  146  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
775 aa  145  8.000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  30.41 
 
 
428 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.31 
 
 
1050 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.74 
 
 
301 aa  142  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
419 aa  142  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.02 
 
 
1078 aa  142  8e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  30.42 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  37.39 
 
 
368 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  31 
 
 
311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  35.21 
 
 
437 aa  139  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  32.26 
 
 
328 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 
302 aa  139  7.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 
791 aa  139  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  33.69 
 
 
292 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.64 
 
 
354 aa  136  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  30.67 
 
 
311 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  30.67 
 
 
311 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  30.67 
 
 
311 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  30.67 
 
 
311 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  30.67 
 
 
311 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  30.67 
 
 
311 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  30.67 
 
 
311 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  30.56 
 
 
659 aa  135  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.58 
 
 
312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  30.46 
 
 
422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 
901 aa  133  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
354 aa  134  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.41 
 
 
772 aa  133  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  32.95 
 
 
768 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  31.56 
 
 
638 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.78 
 
 
317 aa  132  5e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  36.93 
 
 
354 aa  132  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.56 
 
 
836 aa  132  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  32.78 
 
 
642 aa  132  9e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.9 
 
 
315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.1 
 
 
532 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  31.68 
 
 
427 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.81 
 
 
575 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  43.75 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.83 
 
 
837 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.49 
 
 
745 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
508 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  43.86 
 
 
689 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.42 
 
 
792 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.13 
 
 
312 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.9 
 
 
843 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  40.44 
 
 
263 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
686 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.01 
 
 
301 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  41.32 
 
 
495 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.02 
 
 
369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  31.65 
 
 
321 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.34 
 
 
313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  31.58 
 
 
548 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  30.99 
 
 
721 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  43.09 
 
 
570 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  32.07 
 
 
1006 aa  129  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  37.36 
 
 
458 aa  129  6e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.34 
 
 
313 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.34 
 
 
313 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  41.18 
 
 
531 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.34 
 
 
855 aa  129  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  28.62 
 
 
312 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.79 
 
 
794 aa  129  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176969  normal  0.629284 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  30.04 
 
 
432 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  31.53 
 
 
845 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  41.25 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  38.97 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  42.5 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.8 
 
 
458 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1723  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.1 
 
 
674 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.716751 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.82 
 
 
688 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.74 
 
 
1215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.74 
 
 
1215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  44.85 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>