More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3513 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  82.15 
 
 
382 aa  661    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  84.25 
 
 
382 aa  658    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  90.79 
 
 
383 aa  705    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  83.73 
 
 
382 aa  652    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
382 aa  785    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  76.86 
 
 
388 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  75.8 
 
 
388 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  73.87 
 
 
385 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  72.58 
 
 
385 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  73.87 
 
 
385 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  73.33 
 
 
385 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  73.87 
 
 
385 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  73.74 
 
 
382 aa  568  1e-161  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  74.65 
 
 
385 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  71.8 
 
 
385 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  74.25 
 
 
386 aa  565  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  74.37 
 
 
379 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  73.15 
 
 
386 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.76 
 
 
385 aa  556  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  73.7 
 
 
386 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.23 
 
 
385 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.97 
 
 
473 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.97 
 
 
473 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.23 
 
 
385 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.23 
 
 
473 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.23 
 
 
473 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.97 
 
 
473 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  72.63 
 
 
382 aa  547  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  67.8 
 
 
383 aa  539  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  68 
 
 
379 aa  535  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  68.73 
 
 
385 aa  534  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  69.32 
 
 
385 aa  517  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  61.21 
 
 
411 aa  488  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  65.28 
 
 
382 aa  486  1e-136  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  64.44 
 
 
381 aa  485  1e-136  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  63.06 
 
 
397 aa  487  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.09 
 
 
410 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  60.27 
 
 
389 aa  465  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  60 
 
 
390 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  61.98 
 
 
385 aa  455  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  61.62 
 
 
387 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  61.34 
 
 
387 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  58.43 
 
 
389 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  57.58 
 
 
389 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  55.9 
 
 
389 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  56.27 
 
 
382 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.93 
 
 
395 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  53.81 
 
 
397 aa  404  1e-111  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  51.87 
 
 
379 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.24 
 
 
389 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  52.96 
 
 
389 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  53.09 
 
 
381 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  53.49 
 
 
397 aa  387  1e-106  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.8 
 
 
382 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  48.17 
 
 
381 aa  376  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  51.96 
 
 
377 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  47.21 
 
 
383 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  47.48 
 
 
383 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  51.82 
 
 
377 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  47.09 
 
 
377 aa  363  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  52.22 
 
 
385 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.92 
 
 
385 aa  362  4e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  48.17 
 
 
380 aa  360  2e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  52.11 
 
 
385 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.65 
 
 
385 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  47.95 
 
 
381 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  49.2 
 
 
377 aa  354  2e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.99 
 
 
394 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.99 
 
 
391 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.99 
 
 
394 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.62 
 
 
381 aa  350  3e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  44.95 
 
 
385 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  46.23 
 
 
377 aa  333  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  45.85 
 
 
385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  46.42 
 
 
385 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  44.53 
 
 
387 aa  325  6e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  46.54 
 
 
388 aa  323  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  48.61 
 
 
381 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  44.21 
 
 
379 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  46.54 
 
 
384 aa  313  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  45.06 
 
 
381 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 
388 aa  305  9.000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  42.63 
 
 
379 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.08 
 
 
384 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  43.12 
 
 
378 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  39.61 
 
 
392 aa  259  4e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  37.36 
 
 
389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  37.5 
 
 
378 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  35.64 
 
 
379 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  34.27 
 
 
394 aa  238  9e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  33.94 
 
 
379 aa  230  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  37.66 
 
 
399 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  35.26 
 
 
394 aa  227  3e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  33.87 
 
 
380 aa  225  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  36.74 
 
 
379 aa  224  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  36.46 
 
 
393 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  35.26 
 
 
379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.82 
 
 
380 aa  218  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
385 aa  217  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  35.33 
 
 
393 aa  215  9e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>