239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3050 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2892  spermine synthase  63.18 
 
 		 876 aa  938    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2131  spermine/spermidine synthase family transmembrane protein  63.88 
 
 		 830 aa  901    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355306  normal  0.0157921 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4527  Spermine synthase  62.05 
 
 		 844 aa  915    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0178868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3050  spermine synthase  100 
 
 		 842 aa  1629    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3160  Spermine synthase  33.5 
 
 		 982 aa  296  1e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.687582  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3062  spermine synthase  31.88 
 
 		 983 aa  292  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2502  spermine/spermidine synthase family protein  32.41 
 
 		 1017 aa  291  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1825  spermine synthase  31.75 
 
 		 991 aa  284  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3618  spermine synthase  32.43 
 
 		 835 aa  279  2e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  35.68 
 
 		 1078 aa  272  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  35.55 
 
 		 1078 aa  269  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  35.43 
 
 		 1079 aa  262  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0266  Spermine synthase  28.67 
 
 		 749 aa  246  1.9999999999999999e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1296  putative spermine/spermidine synthase family protein  32.46 
 
 		 875 aa  228  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0540  Spermine synthase  27.93 
 
 		 782 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0517  spermine synthase  32.52 
 
 		 836 aa  209  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3570  spermine synthase  27.85 
 
 		 803 aa  196  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.960569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2119  spermine synthase  31.74 
 
 		 903 aa  195  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0594434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0583  spermine synthase  29.86 
 
 		 837 aa  191  4e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1032  spermine synthase  27.95 
 
 		 1040 aa  179  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.251228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1363  spermine synthase  27.75 
 
 		 819 aa  169  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.871378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5606  Spermine synthase  26.31 
 
 		 758 aa  159  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0785  putative spermidine synthase  28.61 
 
 		 759 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2651  putative spermidine synthase  27.03 
 
 		 765 aa  122  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2535  putative spermidine synthase  26.78 
 
 		 765 aa  109  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3446  spermidine synthase  28.57 
 
 		 510 aa  86.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.351486  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4094  spermidine synthase  28.24 
 
 		 521 aa  85.5  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.392732  normal  0.362775 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  24.27 
 
 		 508 aa  83.2  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4785  spermidine synthase  28.86 
 
 		 527 aa  80.5  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  26.95 
 
 		 516 aa  78.6  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0932  spermidine synthase-like protein  25.35 
 
 		 551 aa  77.8  0.0000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4736  spermidine synthase  27.52 
 
 		 521 aa  76.3  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  32.79 
 
 		 529 aa  72.8  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  23.29 
 
 		 498 aa  71.6  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3177  spermidine synthase-like protein  25.89 
 
 		 548 aa  70.9  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4087  spermidine synthase  30.93 
 
 		 296 aa  70.1  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  28.93 
 
 		 304 aa  70.9  0.0000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  30.23 
 
 		 349 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0249  spermidine synthase  28.52 
 
 		 528 aa  69.3  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  30.3 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0816  spermidine synthase  26.71 
 
 		 504 aa  68.2  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072046  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  29.65 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  27.22 
 
 		 515 aa  67.4  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5266  spermidine synthase  24.56 
 
 		 514 aa  67  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5393  spermidine synthase  26.55 
 
 		 504 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.377907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3473  spermidine synthase  26.55 
 
 		 504 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4893  spermidine synthase  26.55 
 
 		 504 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737239  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1613  spermine synthase  36.64 
 
 		 753 aa  66.2  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0627097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0206  spermidine synthase  29.01 
 
 		 277 aa  65.9  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4273  spermidine synthase  26.21 
 
 		 504 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0733287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3584  spermidine synthase  31.37 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2191  spermidine synthase  33.13 
 
 		 287 aa  65.5  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4800  spermidine synthase  26.21 
 
 		 504 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.654715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42690  spermidine synthase  31.37 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1194  spermidine synthase  37.88 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0714  spermidine synthase  30.89 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23820  spermidine synthase  29.05 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0746  spermidine synthase  30.89 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2234  spermidine synthase  26.26 
 
 		 528 aa  63.9  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2743  Spermine synthase  25.94 
 
 		 536 aa  63.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.241267  hitchhiker  0.00393215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4120  spermidine synthase  24.94 
 
 		 525 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.139425  normal  0.076368 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0275  spermidine synthase  25.17 
 
 		 293 aa  62.8  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0154876  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4232  spermidine synthase  24.94 
 
 		 525 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.716937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0390  spermidine synthase  38.84 
 
 		 285 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2470  spermidine synthase  38.84 
 
 		 285 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3468  spermidine synthase  38.84 
 
 		 285 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1226  hypothetical protein  26.17 
 
 		 517 aa  62.8  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18951  spermidine synthase  23.47 
 
 		 283 aa  62.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.454611  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1250  spermidine synthase  38.84 
 
 		 285 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3433  spermidine synthase  38.84 
 
 		 285 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3470  spermidine synthase  38.84 
 
 		 285 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3315  spermidine synthase  38.84 
 
 		 285 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0277  spermidine synthase  25.17 
 
 		 296 aa  62  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.173175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  30.43 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  21.23 
 
 		 558 aa  61.6  0.00000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1337  spermidine synthase  26.77 
 
 		 510 aa  61.2  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1580  spermidine synthase  24.18 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0561  spermidine synthase  35.54 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.329575 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1326  spermidine synthase  25.17 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1306  spermidine synthase  26.77 
 
 		 525 aa  60.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3129  spermidine synthase  27 
 
 		 287 aa  60.5  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0536  spermidine synthase  30.43 
 
 		 289 aa  60.8  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.326149  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0537  spermidine synthase  34.71 
 
 		 285 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1732  spermidine synthase  26.04 
 
 		 291 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3721  spermidine synthase  34.71 
 
 		 285 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3461  spermidine synthase  24.34 
 
 		 503 aa  59.7  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1075  spermidine synthase  25.93 
 
 		 289 aa  59.7  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000310388  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0570  spermidine synthase  23.75 
 
 		 302 aa  59.7  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.758892  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3304  spermidine synthase  25.42 
 
 		 503 aa  59.3  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0560723  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  28 
 
 		 523 aa  59.3  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2055  spermidine synthase  28.76 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1417  spermidine synthase  25.33 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2749  spermidine synthase  35.54 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.53231 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1864  spermidine synthase  28.1 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2030  Spermine synthase  23.73 
 
 		 510 aa  58.2  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4961  Spermine synthase  25.99 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.787243 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1156  Spermine synthase  28.21 
 
 		 538 aa  57.8  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4705  spermidine synthase  30.06 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.725574 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3482  spermidine synthase  28 
 
 		 296 aa  57.4  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00378102  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2904  spermidine synthase-like protein  24.69 
 
 		 551 aa  57.4  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>