More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0668 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 261 aa  551  1e-156  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  50.58 
 
 		 284 aa  257  1e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  52.34 
 
 		 250 aa  254  1.0000000000000001e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  49.22 
 
 		 248 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  47.66 
 
 		 258 aa  233  3e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  44.92 
 
 		 252 aa  223  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  41.41 
 
 		 252 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  43.75 
 
 		 248 aa  210  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  42.31 
 
 		 253 aa  199  3e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 250 aa  192  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 269 aa  172  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 244 aa  162  6e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  37.07 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 247 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 270 aa  155  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 		 264 aa  152  5e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 261 aa  152  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.14 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.09 
 
 		 289 aa  149  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.57 
 
 		 246 aa  148  9e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.98 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  33.85 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  37.02 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  33.85 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  36.02 
 
 		 249 aa  144  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 244 aa  143  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  35.52 
 
 		 262 aa  142  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  34.88 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  37.16 
 
 		 265 aa  142  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 264 aa  141  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  35.14 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  34.34 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  34.88 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  35.61 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 260 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.5 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  32.32 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  35.41 
 
 		 262 aa  138  7.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  32.32 
 
 		 248 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.43 
 
 		 245 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  32.18 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 254 aa  137  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.43 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  33.97 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  33.96 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  35.14 
 
 		 245 aa  136  4e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  35.36 
 
 		 261 aa  136  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.23 
 
 		 302 aa  135  5e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  32.21 
 
 		 251 aa  135  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 255 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  33.08 
 
 		 261 aa  135  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 270 aa  135  9e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 268 aa  134  9.999999999999999e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 270 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.9 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 270 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 270 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.9 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 261 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  34.47 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 284 aa  133  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>