More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2247 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2247  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  476  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.788747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2507  LuxR family transcriptional regulator  67.65 
 
 		 239 aa  332  3e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0350  LuxR family transcriptional regulator  52.14 
 
 		 253 aa  255  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  56.09 
 
 		 234 aa  256  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49700  transcriptional regulator  41.18 
 
 		 243 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  40.12 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  43.33 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  26.96 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  27.33 
 
 		 243 aa  72  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  28.99 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  30.77 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  28.71 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.18 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  34.19 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  34.19 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  26.04 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  37.97 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  35.57 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  28.81 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  28.74 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  31.03 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2290  two component LuxR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.72 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.72 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  27.75 
 
 		 244 aa  58.5  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  29.44 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.38 
 
 		 201 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  35.25 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0351  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.637296  normal  0.0151595 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0020  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.1 
 
 		 229 aa  58.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.38 
 
 		 201 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1212  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.46 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.46 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.46 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 240 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.46 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3724  response regulator receiver protein  44.74 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.954342  normal  0.199959 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  33.61 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  29.76 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  34.21 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3380  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277634 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  55.77 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  34.09 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  28.65 
 
 		 247 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  28.74 
 
 		 241 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  32 
 
 		 250 aa  55.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.65 
 
 		 254 aa  54.7  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  50 
 
 		 206 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.26 
 
 		 231 aa  54.7  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 242 aa  54.7  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  27.53 
 
 		 251 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4039  two component LuxR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512873  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149636  normal  0.0443917 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  27.69 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  33.33 
 
 		 286 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.28 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.28 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.28 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.28 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  28.14 
 
 		 241 aa  53.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.28 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4527  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 223 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.658241 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3515  two component LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 214 aa  53.1  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.150532  hitchhiker  0.00248481 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.71 
 
 		 235 aa  53.1  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1851  two component LuxR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.467917  normal  0.53175 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2880  transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 905 aa  52.8  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0349194  hitchhiker  0.00245203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  27.07 
 
 		 251 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4720  putative PAS/PAC sensor protein  50.88 
 
 		 222 aa  52.8  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0474  response regulator receiver protein  43.08 
 
 		 471 aa  52.4  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.40168  normal  0.0487434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 306 aa  52.4  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.17 
 
 		 218 aa  52.4  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 225 aa  52.4  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3199  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.85 
 
 		 262 aa  52.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 250 aa  52.4  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>