More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4720 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4720  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 222 aa  448  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  50.65 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 254 aa  70.1  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  51.52 
 
 		 394 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  51.52 
 
 		 425 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 248 aa  68.2  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  53.33 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  51.61 
 
 		 253 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  53.33 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  53.33 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  53.33 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  53.33 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50.7 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  51.56 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  50.7 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  50.7 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50.7 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50.7 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50.7 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50.7 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  50.7 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 246 aa  65.5  0.0000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  30.7 
 
 		 250 aa  65.1  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  41.43 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  49.18 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2120  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0535979  normal  0.194929 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  46.55 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 248 aa  62  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  44.64 
 
 		 248 aa  62  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2088  LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 77 aa  61.6  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.33427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  30.36 
 
 		 685 aa  60.5  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 242 aa  60.5  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.36 
 
 		 953 aa  60.1  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0670  regulatory protein LuxR  52.63 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  38.57 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  46.97 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00878  two-component response regulator  47.37 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  29.85 
 
 		 1626 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 		 1116 aa  59.3  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  41.79 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2984  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  47.37 
 
 		 295 aa  58.5  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  44.62 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1681  ATP-dependent transcription regulator LuxR  47.37 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  48.57 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 		 1178 aa  57.8  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0318  transcriptional regulator, LuxR family  45.07 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 245 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  28.57 
 
 		 449 aa  56.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2295  putative PAS/PAC sensor protein  32.65 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  42.86 
 
 		 286 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 559 aa  56.2  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  50.94 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2813  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 		 1632 aa  56.2  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  40.98 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.98 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  40.98 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  40.98 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>