More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2097 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  66.39 
 
 		 833 aa  1164    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  55.49 
 
 		 851 aa  953    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  49.62 
 
 		 651 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  54.56 
 
 		 866 aa  927    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  48.37 
 
 		 825 aa  749    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  52.79 
 
 		 901 aa  845    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  50.9 
 
 		 940 aa  891    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  51.88 
 
 		 846 aa  828    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 848 aa  1741    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  51.58 
 
 		 853 aa  842    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  66.86 
 
 		 832 aa  1177    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  66.39 
 
 		 833 aa  1166    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  52.71 
 
 		 882 aa  867    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  50.89 
 
 		 847 aa  810    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  57.72 
 
 		 867 aa  971    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  48.23 
 
 		 936 aa  811    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  43.36 
 
 		 834 aa  642    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  50 
 
 		 651 aa  635    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  47.74 
 
 		 949 aa  800    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  44.48 
 
 		 845 aa  644    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  48.71 
 
 		 932 aa  803    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  58.4 
 
 		 840 aa  1000    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  48.6 
 
 		 927 aa  820    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  48.12 
 
 		 936 aa  811    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  58.52 
 
 		 847 aa  989    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  42.41 
 
 		 856 aa  639    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  50.3 
 
 		 871 aa  808    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  51.2 
 
 		 954 aa  895    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  66.43 
 
 		 833 aa  1155    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  56.34 
 
 		 837 aa  941    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  48.57 
 
 		 939 aa  781    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  50.77 
 
 		 837 aa  811    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  50.99 
 
 		 864 aa  832    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  49.24 
 
 		 927 aa  796    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  56.96 
 
 		 863 aa  958    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  39.95 
 
 		 815 aa  629  1e-179  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  42.52 
 
 		 825 aa  603  1.0000000000000001e-171  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.51 
 
 		 845 aa  600  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  40.82 
 
 		 865 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  40.69 
 
 		 843 aa  566  1e-160  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  41.32 
 
 		 883 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  40.73 
 
 		 837 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  38.86 
 
 		 882 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  39.22 
 
 		 886 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  37.38 
 
 		 930 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  39.37 
 
 		 900 aa  555  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  40.47 
 
 		 881 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  38.12 
 
 		 895 aa  554  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  38.67 
 
 		 911 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  37.53 
 
 		 918 aa  543  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  39.46 
 
 		 888 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.59 
 
 		 822 aa  541  9.999999999999999e-153  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  46.03 
 
 		 1001 aa  535  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  39.32 
 
 		 893 aa  535  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.9 
 
 		 818 aa  526  1e-148  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  38.73 
 
 		 914 aa  529  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  37.98 
 
 		 868 aa  528  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.63 
 
 		 813 aa  526  1e-148  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  38.46 
 
 		 913 aa  525  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  37.51 
 
 		 868 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  38.34 
 
 		 846 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  38.08 
 
 		 877 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  39.36 
 
 		 817 aa  518  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  38.23 
 
 		 866 aa  498  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.89 
 
 		 902 aa  494  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 855 aa  491  1e-137  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.42 
 
 		 896 aa  488  1e-136  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  36.67 
 
 		 847 aa  484  1e-135  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.38 
 
 		 871 aa  483  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.44 
 
 		 861 aa  473  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.67 
 
 		 872 aa  466  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  40.79 
 
 		 644 aa  461  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.84 
 
 		 656 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  37.87 
 
 		 658 aa  442  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  37.58 
 
 		 684 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  38.87 
 
 		 658 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  33.37 
 
 		 896 aa  432  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  38.14 
 
 		 683 aa  429  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  38.42 
 
 		 914 aa  389  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.08 
 
 		 815 aa  363  8e-99  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.58 
 
 		 603 aa  359  1.9999999999999998e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  37.34 
 
 		 608 aa  355  1e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.28 
 
 		 646 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  53.66 
 
 		 1157 aa  327  7e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  53.66 
 
 		 980 aa  326  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.39 
 
 		 298 aa  326  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  40.4 
 
 		 534 aa  325  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  53.31 
 
 		 1163 aa  324  4e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  45.57 
 
 		 343 aa  276  8e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  45.25 
 
 		 343 aa  273  9e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  34.21 
 
 		 759 aa  258  4e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  31.1 
 
 		 657 aa  252  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  35.65 
 
 		 816 aa  249  2e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.96 
 
 		 495 aa  248  4.9999999999999997e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 831 aa  247  8e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  32.72 
 
 		 477 aa  244  6e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  33.7 
 
 		 845 aa  241  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  33.64 
 
 		 763 aa  241  4e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  33.27 
 
 		 852 aa  240  6.999999999999999e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  38.53 
 
 		 789 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>