More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1174 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 305 aa  593  1e-169  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  64.87 
 
 		 297 aa  315  6e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  62.5 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  62.5 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  62.5 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  60.36 
 
 		 298 aa  294  1e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  60.85 
 
 		 299 aa  288  7e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  59.41 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  56.12 
 
 		 282 aa  265  1e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  58.21 
 
 		 296 aa  264  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  58.78 
 
 		 274 aa  261  1e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  54.09 
 
 		 300 aa  258  1e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  56.74 
 
 		 286 aa  256  3e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  53.55 
 
 		 287 aa  255  6e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  56.89 
 
 		 288 aa  254  9e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  54.04 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  56.06 
 
 		 306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 291 aa  252  7e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  52.88 
 
 		 284 aa  251  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  54.45 
 
 		 279 aa  251  1e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  54.29 
 
 		 273 aa  251  1e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  52.96 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  55.2 
 
 		 268 aa  250  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  53.79 
 
 		 314 aa  249  5e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  56.83 
 
 		 275 aa  246  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  53.29 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  52.05 
 
 		 346 aa  236  4e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  50.7 
 
 		 276 aa  225  7e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  53.58 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  53.53 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  47.22 
 
 		 280 aa  217  2e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  50.7 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  49.12 
 
 		 310 aa  212  4.9999999999999996e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  58.73 
 
 		 360 aa  193  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  39.61 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  53.78 
 
 		 252 aa  175  7e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  40.94 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  41.18 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  41.24 
 
 		 263 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 		 270 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  40.58 
 
 		 270 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 262 aa  161  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.9 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  39.72 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 283 aa  158  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.7 
 
 		 261 aa  158  9e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 247 aa  158  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.77 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  39.78 
 
 		 273 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  38.41 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  38.41 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  40.45 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  38.41 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  38.41 
 
 		 261 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 262 aa  153  4e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 245 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  41.33 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 271 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  38.38 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 271 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  39.78 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.25 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  42.59 
 
 		 252 aa  150  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.59 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  32.45 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 257 aa  150  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.1 
 
 		 264 aa  149  7e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 271 aa  149  7e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 283 aa  149  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  37 
 
 		 261 aa  149  8e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37 
 
 		 261 aa  149  8e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  41.89 
 
 		 266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.09 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.09 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  34.18 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  42.26 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>