More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3773 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  585  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.13 
 
 		 299 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.13 
 
 		 299 aa  414  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  72.13 
 
 		 299 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  68.03 
 
 		 338 aa  368  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  65.62 
 
 		 328 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  61.37 
 
 		 306 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.74 
 
 		 305 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.1 
 
 		 305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  55.75 
 
 		 317 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.84 
 
 		 305 aa  315  7e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.79 
 
 		 342 aa  294  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  48.74 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.67 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.6 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  47.13 
 
 		 270 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.27 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.42 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.22 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.09 
 
 		 324 aa  196  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.57 
 
 		 332 aa  195  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.88 
 
 		 304 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.32 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.32 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.03 
 
 		 318 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.1 
 
 		 374 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.52 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.46 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.98 
 
 		 315 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  37.08 
 
 		 203 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  34.02 
 
 		 591 aa  92.8  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  31.37 
 
 		 201 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  37.2 
 
 		 183 aa  91.7  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.73 
 
 		 579 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  34.66 
 
 		 615 aa  90.1  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  33.93 
 
 		 196 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  34.91 
 
 		 175 aa  89.4  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  36.14 
 
 		 552 aa  89.4  7e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  34.13 
 
 		 168 aa  89.4  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  33.53 
 
 		 200 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  34.39 
 
 		 200 aa  89  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.13 
 
 		 604 aa  89  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.13 
 
 		 579 aa  89  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  34.34 
 
 		 192 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  34.15 
 
 		 176 aa  87.4  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.93 
 
 		 593 aa  87.8  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  31.25 
 
 		 196 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  36.69 
 
 		 187 aa  86.3  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  37.16 
 
 		 199 aa  86.7  5e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  35.88 
 
 		 224 aa  86.7  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  33.76 
 
 		 169 aa  86.3  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  29.85 
 
 		 206 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.92 
 
 		 170 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2488  shikimate kinase  36.14 
 
 		 168 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  30.36 
 
 		 176 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  32.56 
 
 		 195 aa  85.1  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  35.8 
 
 		 179 aa  85.1  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  30.43 
 
 		 168 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  35.1 
 
 		 197 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  30.77 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  34.1 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.75 
 
 		 173 aa  84.7  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  33.77 
 
 		 176 aa  84.3  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  30.12 
 
 		 171 aa  84  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.9 
 
 		 594 aa  83.6  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  33.13 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  33.33 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  36.36 
 
 		 175 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  31.4 
 
 		 190 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  34.57 
 
 		 191 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  34.3 
 
 		 179 aa  81.6  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  32.34 
 
 		 208 aa  81.6  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  35.62 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  35.71 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.43 
 
 		 174 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  29.65 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  36.81 
 
 		 217 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  36.81 
 
 		 200 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  27.11 
 
 		 171 aa  78.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  31.14 
 
 		 191 aa  78.6  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  31.61 
 
 		 216 aa  78.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  34.5 
 
 		 206 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  31.55 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  30.6 
 
 		 189 aa  78.2  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  31.82 
 
 		 180 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  38.74 
 
 		 172 aa  77.8  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  32.64 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  34.29 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  33.15 
 
 		 178 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  27.15 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  28.12 
 
 		 169 aa  76.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  26.44 
 
 		 172 aa  76.3  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.26 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  33.15 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  35.53 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  32.53 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  33.54 
 
 		 161 aa  75.5  0.0000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  28.95 
 
 		 495 aa  75.5  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  31.03 
 
 		 190 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>