More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3310 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  100 
 
 		 396 aa  795    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.99 
 
 		 665 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.71 
 
 		 648 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1597  GGDEF family protein  26.96 
 
 		 674 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0570489  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3354  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 667 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.69 
 
 		 667 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2842  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.53 
 
 		 661 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.947946 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 346 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 		 665 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.5 
 
 		 344 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  46.2 
 
 		 507 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 359 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  45.45 
 
 		 1637 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  44.94 
 
 		 649 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 339 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 422 aa  143  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 340 aa  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 528 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.94 
 
 		 1636 aa  140  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 516 aa  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  42.92 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 522 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  42.78 
 
 		 555 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 340 aa  140  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  46.7 
 
 		 511 aa  139  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 313 aa  139  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.13 
 
 		 313 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 510 aa  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.26 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 510 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 510 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 515 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  43.26 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 510 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  43.72 
 
 		 546 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 565 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  42.05 
 
 		 317 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 492 aa  137  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  44 
 
 		 398 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 518 aa  137  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 492 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 492 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 463 aa  136  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 465 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  42.93 
 
 		 1643 aa  136  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 		 463 aa  135  9e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  38.64 
 
 		 987 aa  135  9.999999999999999e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  44.26 
 
 		 505 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 516 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.16 
 
 		 636 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 542 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 492 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  40.78 
 
 		 528 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  43.39 
 
 		 1726 aa  134  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 350 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 334 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 341 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44 
 
 		 461 aa  134  3.9999999999999996e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  39.36 
 
 		 1629 aa  133  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 501 aa  133  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  49.42 
 
 		 497 aa  133  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 252 aa  133  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 503 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 327 aa  132  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 410 aa  132  9e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  44.77 
 
 		 488 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 469 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 453 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 515 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 591 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  38.5 
 
 		 480 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0173  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 565 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 472 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 534 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 505 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 505 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 338 aa  130  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.93 
 
 		 506 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 435 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  43.68 
 
 		 536 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4550  serine/threonine protein kinase  41.41 
 
 		 1649 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.773527  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>