271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2029 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 518 aa  1055    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.93 
 
 		 507 aa  392  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  37.77 
 
 		 499 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  38.6 
 
 		 490 aa  350  3e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  38.25 
 
 		 499 aa  350  4e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  37.48 
 
 		 499 aa  345  1e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  34.14 
 
 		 489 aa  286  5e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  31.62 
 
 		 500 aa  246  9e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  31.4 
 
 		 502 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  31.85 
 
 		 480 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  28.54 
 
 		 510 aa  196  8.000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.89 
 
 		 514 aa  190  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  26.28 
 
 		 511 aa  180  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  29.32 
 
 		 480 aa  180  4.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  26.99 
 
 		 517 aa  169  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  24.38 
 
 		 524 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.6 
 
 		 530 aa  160  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  26.54 
 
 		 533 aa  152  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  24.85 
 
 		 528 aa  146  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  26.62 
 
 		 519 aa  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  23.74 
 
 		 507 aa  143  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  22.36 
 
 		 505 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  22.8 
 
 		 527 aa  136  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.1 
 
 		 520 aa  136  9e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  22.73 
 
 		 519 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.53 
 
 		 522 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.5 
 
 		 512 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.11 
 
 		 804 aa  124  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.01 
 
 		 518 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.29 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  21.7 
 
 		 503 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.46 
 
 		 520 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  23.88 
 
 		 532 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  23.4 
 
 		 510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.85 
 
 		 474 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.51 
 
 		 493 aa  107  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  26.26 
 
 		 790 aa  104  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.09 
 
 		 575 aa  102  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  23.4 
 
 		 743 aa  102  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  23.79 
 
 		 514 aa  101  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  25.56 
 
 		 487 aa  100  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  23.74 
 
 		 806 aa  100  7e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  23.99 
 
 		 726 aa  98.2  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  23.52 
 
 		 505 aa  97.1  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  22.97 
 
 		 521 aa  97.1  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.7 
 
 		 455 aa  96.3  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.78 
 
 		 477 aa  96.3  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  21.79 
 
 		 731 aa  94.4  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.17 
 
 		 456 aa  92.8  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  23.3 
 
 		 736 aa  91.3  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  23.8 
 
 		 509 aa  90.9  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  23.38 
 
 		 456 aa  90.5  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.98 
 
 		 477 aa  90.1  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.13 
 
 		 653 aa  89.7  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  21.11 
 
 		 537 aa  88.6  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  21.08 
 
 		 517 aa  87  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.84 
 
 		 720 aa  84.7  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  21.55 
 
 		 737 aa  84.3  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  20.85 
 
 		 756 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.93 
 
 		 734 aa  84  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  22.06 
 
 		 753 aa  84  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.96 
 
 		 456 aa  83.6  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  23.92 
 
 		 872 aa  83.6  0.000000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.26 
 
 		 642 aa  82.8  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  20.31 
 
 		 507 aa  82.4  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  21.69 
 
 		 742 aa  81.6  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.51 
 
 		 643 aa  81.6  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  23.14 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.21 
 
 		 463 aa  78.6  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  22.41 
 
 		 508 aa  78.2  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  25 
 
 		 756 aa  78.2  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  22.01 
 
 		 472 aa  77.8  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  18.83 
 
 		 499 aa  75.9  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1354  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  22.55 
 
 		 746 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.845392  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3220  exopolysaccharide transport family protein  22.52 
 
 		 746 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  23.5 
 
 		 466 aa  72  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.98 
 
 		 718 aa  72  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  21.37 
 
 		 741 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.84 
 
 		 467 aa  71.6  0.00000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  22.51 
 
 		 711 aa  71.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4408  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.07 
 
 		 761 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.989897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  23.02 
 
 		 722 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  23.33 
 
 		 779 aa  70.9  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  21.33 
 
 		 475 aa  70.9  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3258  exopolysaccharide transport family protein  22.25 
 
 		 746 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3271  EpsB  22.25 
 
 		 746 aa  70.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5907  exopolysaccharide transport protein family  22.76 
 
 		 745 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.459127  normal  0.402865 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07230  putative tyrosine-protein kinase in cps region  23.23 
 
 		 815 aa  69.7  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  21.35 
 
 		 750 aa  70.1  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  23.39 
 
 		 774 aa  69.3  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1126  capsular exopolysaccharide family  20.52 
 
 		 790 aa  68.6  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0796389  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21 
 
 		 519 aa  69.3  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  18.32 
 
 		 710 aa  69.3  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.97 
 
 		 778 aa  67.8  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0737  chain length determinant protein  21.13 
 
 		 478 aa  67.8  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6175  exopolysaccharide transport protein family  22.54 
 
 		 745 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.412348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.52 
 
 		 671 aa  66.2  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4611  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.28 
 
 		 743 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  22.33 
 
 		 509 aa  66.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4497  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.73 
 
 		 734 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.904654  normal  0.335117 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>