More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0612 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 274 aa  528  1e-149  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  86.03 
 
 		 275 aa  436  1e-121  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  65.76 
 
 		 296 aa  317  1e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  61.51 
 
 		 268 aa  301  5.000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  61.98 
 
 		 314 aa  300  1e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  59.49 
 
 		 279 aa  296  2e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  61.84 
 
 		 286 aa  293  2e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  63.3 
 
 		 282 aa  293  2e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  59.19 
 
 		 294 aa  291  8e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  63.06 
 
 		 288 aa  290  1e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  60.08 
 
 		 273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  57.65 
 
 		 300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  59.78 
 
 		 300 aa  281  7.000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  64.12 
 
 		 297 aa  279  3e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  57.91 
 
 		 298 aa  276  2e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  57.91 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  56.93 
 
 		 284 aa  270  1e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  57.09 
 
 		 276 aa  267  2e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  59.84 
 
 		 276 aa  261  8e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  56.12 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  55.76 
 
 		 299 aa  258  8e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  55.76 
 
 		 299 aa  258  8e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  54.78 
 
 		 291 aa  258  1e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  57.61 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  56.25 
 
 		 346 aa  255  5e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  51.77 
 
 		 297 aa  254  8e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  55.56 
 
 		 287 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  56.18 
 
 		 293 aa  253  3e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  56.03 
 
 		 306 aa  249  3e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 305 aa  249  5e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  54.38 
 
 		 297 aa  248  7e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 280 aa  241  1e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  51.97 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  60.52 
 
 		 252 aa  219  3e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 310 aa  216  2e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  61.34 
 
 		 360 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  43.19 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  41.33 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  42.59 
 
 		 294 aa  168  7e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  40.7 
 
 		 259 aa  162  6e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 262 aa  161  9e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 351 aa  159  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  43.48 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  43.48 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 287 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  39.44 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 284 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  43.93 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  41.31 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  40.74 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 259 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 274 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  39.69 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 270 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 259 aa  151  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 247 aa  151  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 255 aa  150  1e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.77 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 266 aa  148  7e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  35.94 
 
 		 275 aa  149  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  40.46 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>