120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2548 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 405 aa  836    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  44.13 
 
 		 429 aa  178  2e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.38 
 
 		 411 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.46 
 
 		 415 aa  152  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  40.45 
 
 		 453 aa  140  4.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  41.22 
 
 		 394 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  41.32 
 
 		 428 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  28.94 
 
 		 420 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  38.25 
 
 		 456 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  26.28 
 
 		 416 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.43 
 
 		 407 aa  108  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  35.35 
 
 		 381 aa  103  6e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  31.94 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.71 
 
 		 422 aa  97.1  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  30.92 
 
 		 417 aa  91.7  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  29.01 
 
 		 401 aa  89  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  26.33 
 
 		 405 aa  86.7  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.21 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 775 aa  82.4  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.61 
 
 		 399 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.73 
 
 		 429 aa  79.7  0.00000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.64 
 
 		 384 aa  77.4  0.0000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.91 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.07 
 
 		 438 aa  77  0.0000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  31.32 
 
 		 444 aa  73.6  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  22.82 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 425 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.66 
 
 		 444 aa  72.4  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 393 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  23.56 
 
 		 456 aa  70.9  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.6 
 
 		 423 aa  69.3  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  26.35 
 
 		 562 aa  67.8  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  32.77 
 
 		 473 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30 
 
 		 703 aa  67.4  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.77 
 
 		 435 aa  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  27.78 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.24 
 
 		 453 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.53 
 
 		 441 aa  64.3  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  21.11 
 
 		 425 aa  63.9  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  26.91 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.75 
 
 		 456 aa  63.5  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.36 
 
 		 457 aa  63.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  20.64 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.68 
 
 		 425 aa  59.7  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  24.36 
 
 		 430 aa  59.7  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25.82 
 
 		 402 aa  59.7  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  29.67 
 
 		 462 aa  59.3  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.44 
 
 		 423 aa  58.9  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.87 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  27.09 
 
 		 402 aa  57  0.0000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  22.84 
 
 		 409 aa  56.6  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  22.84 
 
 		 409 aa  56.6  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  23.64 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.29 
 
 		 390 aa  56.6  0.0000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.1 
 
 		 417 aa  56.6  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  23.25 
 
 		 426 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  25.37 
 
 		 287 aa  56.2  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  29.79 
 
 		 409 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  25 
 
 		 412 aa  55.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.99 
 
 		 528 aa  55.5  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.94 
 
 		 419 aa  55.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  23.86 
 
 		 477 aa  54.3  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.12 
 
 		 412 aa  54.7  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.03 
 
 		 411 aa  54.7  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 		 419 aa  53.9  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  35.56 
 
 		 435 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  20.2 
 
 		 405 aa  53.9  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  31.18 
 
 		 413 aa  53.1  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  43.06 
 
 		 233 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 427 aa  52.4  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  29.03 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0211  N-6 DNA methylase  28.46 
 
 		 712 aa  51.6  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  27.33 
 
 		 460 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  24.16 
 
 		 400 aa  51.2  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  20.27 
 
 		 391 aa  50.8  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  26.8 
 
 		 393 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.09 
 
 		 462 aa  50.4  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  21.49 
 
 		 454 aa  50.1  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  21.17 
 
 		 413 aa  50.1  0.00008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1261  N-6 DNA methylase  28.78 
 
 		 1362 aa  49.7  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  24.55 
 
 		 476 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.74 
 
 		 433 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  21.94 
 
 		 374 aa  49.3  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.44 
 
 		 424 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  23.05 
 
 		 413 aa  48.9  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.54 
 
 		 413 aa  48.9  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.73 
 
 		 417 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  28.1 
 
 		 424 aa  47.4  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  20.52 
 
 		 464 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  20.57 
 
 		 427 aa  47.8  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 		 400 aa  47.4  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  21.9 
 
 		 395 aa  47  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  27.49 
 
 		 511 aa  45.8  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  24 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  22.9 
 
 		 407 aa  46.2  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  28.47 
 
 		 433 aa  46.2  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.77 
 
 		 386 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0839  hypothetical protein  25 
 
 		 210 aa  45.4  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.81 
 
 		 422 aa  45.4  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>