More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2139 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A2121  diguanylate cyclase  92.13 
 
 		 343 aa  651    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.631655 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2139  diguanylate cyclase  100 
 
 		 343 aa  703    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  33.23 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 345 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  33 
 
 		 345 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.97 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.97 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.66 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  28.23 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 417 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.62 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.74 
 
 		 321 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 843 aa  123  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  38.95 
 
 		 548 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 547 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 498 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  28.43 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  31.63 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.8 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 434 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  29.37 
 
 		 327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 538 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 660 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 660 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  27.52 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.85 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  37.65 
 
 		 581 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.08 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.85 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 489 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 484 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 489 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 499 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 362 aa  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 499 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  28 
 
 		 367 aa  113  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 499 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.72 
 
 		 737 aa  112  7.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.82 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.8 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  26.6 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1041  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 791 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  26.4 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  42.68 
 
 		 506 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 359 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 362 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 660 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  37.11 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.9 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  35.2 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 345 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 333 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 357 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  37.02 
 
 		 494 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.52 
 
 		 667 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.83 
 
 		 683 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3354  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 667 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 522 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.89 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0715  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 516 aa  107  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 612 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 608 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 527 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 643 aa  107  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 465 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 340 aa  106  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 893 aa  106  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  40.85 
 
 		 506 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 521 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3286  GGDEF domain-containing protein  41.77 
 
 		 595 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 521 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  38.8 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 521 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 462 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.91 
 
 		 323 aa  106  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  27.41 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  40.34 
 
 		 511 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  34.88 
 
 		 609 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  37.43 
 
 		 649 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  37.5 
 
 		 536 aa  105  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  37.57 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0265  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.021653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>