More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TC0676 on replicon NC_002620
Organism: Chlamydia muridarum Nigg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002620  TC0676  VacB/Rnb family exoribonuclease  100 
 
 		 692 aa  1422    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  34.7 
 
 		 716 aa  335  2e-90  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.26 
 
 		 759 aa  331  3e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  34.87 
 
 		 720 aa  330  7e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  33.19 
 
 		 788 aa  328  1.0000000000000001e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  32.43 
 
 		 806 aa  327  3e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  32.14 
 
 		 806 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  32.43 
 
 		 762 aa  327  5e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  32.14 
 
 		 806 aa  326  7e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  32.14 
 
 		 810 aa  326  9e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  32 
 
 		 804 aa  326  1e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  32 
 
 		 808 aa  326  1e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  32 
 
 		 808 aa  325  2e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  32 
 
 		 808 aa  325  2e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  32 
 
 		 812 aa  324  3e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  34.43 
 
 		 709 aa  323  5e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  31.57 
 
 		 814 aa  323  6e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  32.26 
 
 		 751 aa  323  9.000000000000001e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  36.39 
 
 		 710 aa  320  6e-86  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  32.28 
 
 		 810 aa  320  7e-86  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  36.22 
 
 		 710 aa  318  2e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  33.08 
 
 		 758 aa  318  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  32.11 
 
 		 751 aa  318  2e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  33.38 
 
 		 705 aa  318  2e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  32.15 
 
 		 792 aa  318  3e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  33.13 
 
 		 763 aa  317  5e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  32.4 
 
 		 817 aa  315  9.999999999999999e-85  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  34.96 
 
 		 706 aa  314  2.9999999999999996e-84  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  33 
 
 		 709 aa  313  6.999999999999999e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  32.73 
 
 		 757 aa  313  1e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  33.64 
 
 		 777 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  34.28 
 
 		 737 aa  308  3e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  33.09 
 
 		 752 aa  307  3e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  35.25 
 
 		 737 aa  307  4.0000000000000004e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  34.88 
 
 		 751 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  38.17 
 
 		 766 aa  303  9e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  32.64 
 
 		 801 aa  303  1e-80  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  32.38 
 
 		 795 aa  302  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  33.54 
 
 		 706 aa  301  3e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  32.42 
 
 		 715 aa  301  3e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  34.12 
 
 		 694 aa  298  3e-79  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  32.06 
 
 		 770 aa  297  4e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  29.99 
 
 		 825 aa  296  1e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  32.23 
 
 		 705 aa  295  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  37.86 
 
 		 704 aa  293  5e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  33.53 
 
 		 763 aa  294  5e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  33.55 
 
 		 718 aa  293  8e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  31 
 
 		 750 aa  292  1e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  33.45 
 
 		 702 aa  291  2e-77  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  33.17 
 
 		 722 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  31.16 
 
 		 794 aa  288  2.9999999999999996e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  28.74 
 
 		 827 aa  288  2.9999999999999996e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  34.36 
 
 		 737 aa  287  4e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  32.27 
 
 		 791 aa  287  4e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  30.99 
 
 		 762 aa  286  7e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  32.56 
 
 		 726 aa  286  9e-76  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  33.57 
 
 		 726 aa  285  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  33.28 
 
 		 790 aa  284  3.0000000000000004e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  33.28 
 
 		 790 aa  284  3.0000000000000004e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  30.93 
 
 		 857 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  29.93 
 
 		 828 aa  282  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  29.49 
 
 		 770 aa  281  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  31.35 
 
 		 795 aa  282  2e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  31.16 
 
 		 770 aa  282  2e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  33.39 
 
 		 716 aa  281  3e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  32.35 
 
 		 701 aa  280  4e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  30.77 
 
 		 910 aa  280  9e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  31.26 
 
 		 795 aa  278  2e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  33.33 
 
 		 714 aa  278  2e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  32.52 
 
 		 792 aa  278  3e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  30.15 
 
 		 859 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  31.48 
 
 		 840 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  30.66 
 
 		 857 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  31.2 
 
 		 791 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  30.66 
 
 		 857 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  29.72 
 
 		 801 aa  275  3e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  31.01 
 
 		 735 aa  274  4.0000000000000004e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  36.5 
 
 		 813 aa  274  4.0000000000000004e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  30.95 
 
 		 861 aa  273  6e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  31.88 
 
 		 667 aa  273  8.000000000000001e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  31.76 
 
 		 742 aa  273  9e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  29.96 
 
 		 771 aa  271  2e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2449  ribonuclease R  30.53 
 
 		 808 aa  271  2e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.162395  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  30.85 
 
 		 808 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  30.31 
 
 		 708 aa  270  5e-71  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2598  ribonuclease R  29.86 
 
 		 869 aa  270  8.999999999999999e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000938061  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  31.81 
 
 		 903 aa  270  8.999999999999999e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  29.35 
 
 		 818 aa  269  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  32.84 
 
 		 857 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  34.74 
 
 		 774 aa  268  2e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  29.93 
 
 		 906 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  28.65 
 
 		 821 aa  267  4e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  30.56 
 
 		 813 aa  267  5e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  31.41 
 
 		 779 aa  267  5e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  30.56 
 
 		 813 aa  267  5e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  32.76 
 
 		 695 aa  266  7e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  30.03 
 
 		 834 aa  266  7e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.56 
 
 		 813 aa  266  8e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  30.56 
 
 		 813 aa  266  8.999999999999999e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  29.83 
 
 		 937 aa  266  8.999999999999999e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>