More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2449 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2449  ribonuclease R  100 
 
 		 808 aa  1649    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.162395  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  35.54 
 
 		 806 aa  420  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  33.65 
 
 		 762 aa  421  1e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  34.14 
 
 		 758 aa  421  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  35.54 
 
 		 806 aa  420  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  35.41 
 
 		 808 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  35.41 
 
 		 804 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  35.27 
 
 		 810 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  35.27 
 
 		 812 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  35.41 
 
 		 808 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  35.27 
 
 		 806 aa  419  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  34.85 
 
 		 814 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  35.41 
 
 		 808 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  34.22 
 
 		 763 aa  412  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  33.82 
 
 		 763 aa  412  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  34.82 
 
 		 777 aa  412  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  35.73 
 
 		 752 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  35.1 
 
 		 706 aa  409  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  32.21 
 
 		 788 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  34.73 
 
 		 792 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  34.88 
 
 		 706 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  33.88 
 
 		 720 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  34.24 
 
 		 716 aa  394  1e-108  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  33.7 
 
 		 759 aa  393  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  34.86 
 
 		 903 aa  384  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  34.62 
 
 		 737 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  34.48 
 
 		 737 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  32.48 
 
 		 716 aa  383  1e-105  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  32.35 
 
 		 840 aa  381  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  31.25 
 
 		 726 aa  378  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  34.32 
 
 		 715 aa  377  1e-103  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  33.51 
 
 		 751 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  32.85 
 
 		 792 aa  373  1e-102  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  34.75 
 
 		 710 aa  374  1e-102  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  34.53 
 
 		 710 aa  374  1e-102  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  34.88 
 
 		 801 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.11 
 
 		 857 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  33.51 
 
 		 751 aa  376  1e-102  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  33.02 
 
 		 857 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  32.34 
 
 		 709 aa  375  1e-102  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  33.97 
 
 		 857 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  32.8 
 
 		 709 aa  372  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  34.71 
 
 		 818 aa  369  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  31.6 
 
 		 828 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  33.21 
 
 		 829 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  36.11 
 
 		 870 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  32.62 
 
 		 859 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  31.91 
 
 		 742 aa  368  1e-100  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  33.02 
 
 		 757 aa  368  1e-100  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  32.58 
 
 		 766 aa  366  1e-100  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  32.3 
 
 		 808 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  33.93 
 
 		 705 aa  368  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  32.79 
 
 		 871 aa  365  1e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  31.9 
 
 		 817 aa  365  2e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  32.29 
 
 		 809 aa  365  2e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  33.58 
 
 		 758 aa  363  5.0000000000000005e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  32.18 
 
 		 808 aa  363  6e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  32.57 
 
 		 790 aa  362  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  32.57 
 
 		 790 aa  362  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  30.13 
 
 		 735 aa  361  3e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  33.33 
 
 		 795 aa  361  3e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  31.3 
 
 		 824 aa  361  3e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  34.96 
 
 		 804 aa  361  3e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  33.57 
 
 		 830 aa  360  7e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  34.44 
 
 		 810 aa  360  8e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  31.88 
 
 		 801 aa  360  8e-98  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  33.9 
 
 		 774 aa  359  9.999999999999999e-98  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  34.67 
 
 		 876 aa  358  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  33 
 
 		 808 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  31.28 
 
 		 833 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  34.77 
 
 		 864 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  32.72 
 
 		 834 aa  357  2.9999999999999997e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  35.93 
 
 		 907 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  35.07 
 
 		 815 aa  357  5e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  36.04 
 
 		 906 aa  357  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  34.77 
 
 		 848 aa  356  7.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  32.4 
 
 		 807 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  32.4 
 
 		 807 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  32.84 
 
 		 876 aa  356  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  32.4 
 
 		 807 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  33.73 
 
 		 726 aa  355  2e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  33.43 
 
 		 726 aa  354  2.9999999999999997e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  32.27 
 
 		 807 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.33 
 
 		 861 aa  354  4e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  32.27 
 
 		 805 aa  354  5e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  31.12 
 
 		 826 aa  353  7e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  33.06 
 
 		 751 aa  353  1e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  30.78 
 
 		 810 aa  352  1e-95  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  32.74 
 
 		 1055 aa  352  2e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.52 
 
 		 735 aa  352  2e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  35.41 
 
 		 937 aa  352  2e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  31.11 
 
 		 704 aa  352  2e-95  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  32.56 
 
 		 817 aa  352  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  32.56 
 
 		 817 aa  351  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  31.71 
 
 		 877 aa  350  5e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  32.21 
 
 		 750 aa  350  6e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  32.17 
 
 		 807 aa  350  7e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  33.87 
 
 		 819 aa  348  2e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  32.12 
 
 		 877 aa  348  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  33.24 
 
 		 834 aa  348  2e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>