More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2828 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2828  diguanylate cyclase  100 
 
 
400 aa  806    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.238138  normal  0.24996 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0693  diguanylate cyclase  28.46 
 
 
389 aa  152  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
604 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  41.14 
 
 
636 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  42.14 
 
 
604 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
889 aa  134  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1560  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
288 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.64 
 
 
693 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.41 
 
 
693 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.52 
 
 
925 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
560 aa  132  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.99 
 
 
685 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  38.5 
 
 
592 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.66 
 
 
891 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
840 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  32.83 
 
 
1346 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 
648 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.69 
 
 
1212 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.11 
 
 
703 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 
467 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3061  GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 
469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.62 
 
 
449 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.04 
 
 
568 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.37 
 
 
1665 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.5 
 
 
768 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  36.9 
 
 
882 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 
292 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  37.64 
 
 
701 aa  130  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  39.75 
 
 
687 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  40.23 
 
 
937 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  42.77 
 
 
721 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 
761 aa  129  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.02 
 
 
869 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 
937 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2193  diguanylate cyclase  38.36 
 
 
1196 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.941342  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
937 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  32.08 
 
 
339 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  37.28 
 
 
1055 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.05 
 
 
826 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2151  ammonium transporter  44.38 
 
 
611 aa  127  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.29 
 
 
1514 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.29 
 
 
1514 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  37.11 
 
 
892 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  42.24 
 
 
768 aa  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.13 
 
 
743 aa  127  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1767  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.41 
 
 
716 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00167565  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
937 aa  127  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  38.98 
 
 
937 aa  126  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  34.12 
 
 
689 aa  126  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0456  GGDEF family protein  40.37 
 
 
464 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.219727  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.92 
 
 
1215 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  38.64 
 
 
923 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.92 
 
 
1215 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.92 
 
 
1070 aa  125  9e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  40.35 
 
 
692 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  30.11 
 
 
768 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  38.95 
 
 
523 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.93 
 
 
947 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.37 
 
 
718 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  37.77 
 
 
565 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.92 
 
 
1215 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.51 
 
 
689 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  37.11 
 
 
735 aa  125  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
603 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.35 
 
 
689 aa  125  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.31 
 
 
585 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0680  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.13 
 
 
1301 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.344906  normal  0.0177864 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.72 
 
 
1216 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.41 
 
 
1228 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.51 
 
 
689 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.71 
 
 
1209 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.43 
 
 
695 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.71 
 
 
1209 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.41 
 
 
869 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 
664 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 
1047 aa  124  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 
664 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 
664 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  37.85 
 
 
215 aa  124  4e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
928 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.79 
 
 
729 aa  124  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
928 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.52 
 
 
684 aa  123  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  36.48 
 
 
814 aa  124  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.64 
 
 
770 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 
664 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
572 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6793  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.36 
 
 
935 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400617  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
928 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.38 
 
 
679 aa  123  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28640  cyclic di-GMP signal transduction protein  35.5 
 
 
834 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.29 
 
 
912 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.84 
 
 
1282 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  37.93 
 
 
284 aa  123  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  39.75 
 
 
817 aa  123  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  35.2 
 
 
976 aa  123  6e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.66 
 
 
962 aa  123  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  37.79 
 
 
474 aa  123  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  38.69 
 
 
452 aa  123  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.51 
 
 
709 aa  123  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>