More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0456 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0456  GGDEF family protein  100 
 
 
464 aa  936    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.219727  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  38.24 
 
 
459 aa  266  5.999999999999999e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0279  GGDEF family protein  32.08 
 
 
457 aa  233  6e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  33.92 
 
 
449 aa  223  4e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1635  diguanylate cyclase  32.66 
 
 
451 aa  216  7e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28631  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06699  hypothetical protein  32.15 
 
 
452 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000800  GGDEF family protein  30.97 
 
 
423 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0410627  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0403  putative membrane associated signaling protein  34.12 
 
 
403 aa  193  6e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116086  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6809  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  31.06 
 
 
747 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1788  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
760 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0914788  normal  0.266006 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.46 
 
 
718 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  49.15 
 
 
636 aa  166  9e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1163  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
731 aa  166  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  51.45 
 
 
429 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 
664 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 
664 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 
664 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 
664 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  48.21 
 
 
882 aa  163  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 
571 aa  162  9e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  49.39 
 
 
565 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.25 
 
 
1665 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.75 
 
 
780 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3355  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.33 
 
 
685 aa  160  4e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0162851  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.84 
 
 
891 aa  158  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.04 
 
 
757 aa  156  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
923 aa  156  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  36.59 
 
 
955 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000914767  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.45 
 
 
858 aa  155  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.04 
 
 
458 aa  154  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.69 
 
 
855 aa  154  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  37.17 
 
 
523 aa  154  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.13 
 
 
953 aa  153  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  40.32 
 
 
814 aa  153  7e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.33 
 
 
840 aa  153  8e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.13 
 
 
953 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  40.32 
 
 
735 aa  152  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 
659 aa  152  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.1 
 
 
826 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.76 
 
 
729 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.59 
 
 
738 aa  151  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.57 
 
 
1289 aa  151  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.36 
 
 
736 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  39.78 
 
 
892 aa  150  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.2 
 
 
878 aa  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  49.06 
 
 
685 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
517 aa  150  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0502  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.13 
 
 
705 aa  150  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  47.83 
 
 
523 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.59 
 
 
319 aa  149  8e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  44.59 
 
 
921 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  44.79 
 
 
792 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  39.78 
 
 
892 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.88 
 
 
723 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  48.43 
 
 
685 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  46.88 
 
 
572 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.03 
 
 
568 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 
659 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  39.57 
 
 
735 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  39.78 
 
 
892 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  39.78 
 
 
892 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.79 
 
 
768 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  39.78 
 
 
892 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.62 
 
 
694 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  39.57 
 
 
604 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.94 
 
 
1514 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.94 
 
 
1514 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.32 
 
 
659 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  47.77 
 
 
808 aa  147  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.88 
 
 
917 aa  147  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 
659 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.77 
 
 
990 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.12 
 
 
714 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.49 
 
 
678 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.08 
 
 
684 aa  147  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.98 
 
 
324 aa  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
557 aa  147  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.15 
 
 
359 aa  146  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454902  normal  0.027524 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.78 
 
 
892 aa  147  6e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  47.13 
 
 
759 aa  147  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.31 
 
 
633 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  46.75 
 
 
604 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  42.78 
 
 
944 aa  146  8.000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  41.88 
 
 
292 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.22 
 
 
1466 aa  146  8.000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1306  diguanylate cyclase  45.29 
 
 
532 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  42.93 
 
 
937 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.04 
 
 
1050 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.85 
 
 
449 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 
475 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.94 
 
 
905 aa  145  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.06 
 
 
768 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.34 
 
 
735 aa  146  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  46.71 
 
 
314 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  37.96 
 
 
873 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.78 
 
 
397 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  43.95 
 
 
858 aa  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  42.59 
 
 
951 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.92 
 
 
947 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.78 
 
 
397 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>