More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0124 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  69.65 
 
 		 966 aa  1379    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  54.57 
 
 		 946 aa  1059    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  57.16 
 
 		 947 aa  1109    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 951 aa  1936    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  69.54 
 
 		 957 aa  1381    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  37.33 
 
 		 944 aa  551  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  37.2 
 
 		 967 aa  535  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  35.65 
 
 		 969 aa  531  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  34.67 
 
 		 951 aa  496  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1228  TonB-dependent receptor  32.93 
 
 		 1057 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0919786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2291  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 		 922 aa  413  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.152669  normal  0.0285161 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02110  TonB-dependent receptor  34.9 
 
 		 824 aa  409  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806271  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00553  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 1028 aa  401  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1309  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 1007 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 940 aa  388  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  30.1 
 
 		 1015 aa  382  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3063  phosphatidylglycerophosphatase  30.53 
 
 		 1007 aa  378  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429935  hitchhiker  0.00000353184 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 		 939 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 869 aa  372  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 938 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3766  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 		 920 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2885  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 1007 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.998185  hitchhiker  0.000000100391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2967  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 		 1007 aa  368  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.325613  unclonable  0.000074765 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  31.78 
 
 		 981 aa  354  5e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  30.37 
 
 		 929 aa  353  1e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  31.2 
 
 		 966 aa  348  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 		 965 aa  347  8.999999999999999e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0679  putative TonB-dependent receptor  30.1 
 
 		 1009 aa  346  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 873 aa  343  7e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 873 aa  343  9e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 		 966 aa  343  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  30.06 
 
 		 935 aa  340  8e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 935 aa  335  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 930 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 948 aa  330  7e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 930 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 930 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 976 aa  327  5e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  29.93 
 
 		 966 aa  326  1e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 953 aa  322  1.9999999999999998e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 897 aa  318  3e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 952 aa  317  6e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 935 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 935 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 935 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 937 aa  317  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 933 aa  313  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  28.64 
 
 		 961 aa  312  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  28.81 
 
 		 969 aa  310  6.999999999999999e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 924 aa  310  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 907 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 981 aa  308  3e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1752  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 1041 aa  308  3e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0957088  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  29.58 
 
 		 936 aa  308  5.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 998 aa  305  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 976 aa  305  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1677  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 1041 aa  305  2.0000000000000002e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 907 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2872  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 982 aa  302  2e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 904 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 964 aa  300  9e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 904 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 904 aa  296  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 904 aa  295  3e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  28.72 
 
 		 839 aa  294  7e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 901 aa  291  4e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 841 aa  289  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2904  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 914 aa  289  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000193402  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 855 aa  286  9e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 836 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 843 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 842 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2073  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 1000 aa  281  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168139  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 855 aa  279  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 1040 aa  279  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 987 aa  278  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 853 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  28.48 
 
 		 853 aa  274  5.000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 975 aa  273  8.000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 1020 aa  272  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  26.22 
 
 		 914 aa  269  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  28.15 
 
 		 853 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  28.15 
 
 		 853 aa  268  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  28.15 
 
 		 853 aa  268  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 944 aa  266  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 912 aa  266  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 838 aa  265  3e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 		 910 aa  265  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2508  TonB-dependent receptor, plug  26.07 
 
 		 1015 aa  263  8.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.636231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 1088 aa  260  7e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0591  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 1032 aa  246  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.880997  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 817 aa  246  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  26.73 
 
 		 895 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 924 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 924 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 924 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 891 aa  242  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  26.58 
 
 		 974 aa  242  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 883 aa  240  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 883 aa  240  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>